Wojciech Jaruzelski jest jedną z najbardziej kontrowersyjnych postaci w historii PRL. Wielokrotnie, po upadku PRL, był oskarżany o fałszowanie informacji na temat swojej przeszłości. Swoje wersje wydarzeń przedstawiał w wielu książkach biograficznych i wywiadach-rzekach. 

Jednym z przemilczanych okresów kariery była jego służba w Głównym Zarządzie Informacji Wojskowej, stanowiącej wywiad wojskowy powiązany z sowieckim GRU. Według zachowanych dokumentów znajdujących się w archiwach IPN współpracował w latach 1946–1954 jako agent informator z Informacją Wojskową pod pseudonimem „Wolski”.

W latach 1967–1968 jako szef Sztabu Generalnego WP był jednym z architektów czystek antysyjonistycznych w wojsku. Jaruzelski zaprzeczał swojemu udziałowi w tych wydarzeniach. Według zachowanych dokumentów w marcu 1968 na posiedzeniu Podstawowej Organizacji Partyjnej w Sztabie Generalnym Wojska Polskiego Jaruzelski stwierdził: „Bardzo niebezpieczne dla nas są liczne wewnętrzne i zewnętrzne powiązania syjonistyczne i prosyjonistyczne występujące w postaciach mafijnych i indywidualnych. Milczenie i brak ustosunkowania się wysoko postawionych towarzyszy pochodzenia żydowskiego stanowi pożywkę dla naszych wrogów z zagranicy”. (M. Cieślik, P. Kowal „Jaruzelski. Życie paradoksalne")

W sierpniu 1968 roku oddziały Wojska Polskiego pod osobistym nadzorem Jaruzelskiego wkroczyły na terytorium Czechosłowacji w ramach agresji wojsk Układu Warszawskiego w celu zdławienia Praskiej Wiosny. Polskie wojsko zajęło m.in. miasto Hradec-Kralove.

W grudniu 1970 r. na Wybrzeżu doszło do krwawego stłumienia protestów robotników przeciw podwyżkom cen - od kul milicji i wojska zginęły co najmniej 44 osoby, a kilkaset zostało rannych. W 2001 roku Jaruzelski zapewniał jako oskarżony przed sądem, że podjął kroki w celu "złagodzenia" decyzji szefa PZPR Władysława Gomułki o strzelaniu do robotników: pierwsze strzały miały być oddawane w powietrze, potem w ziemię, a następne - w nogi demonstrantów.

Według historyków w grudniu 1970 roku Jaruzelski odegrał ważną rolę w odsunięciu Gomułki i jego ekipy od władzy oraz w objęciu szefostwa PZPR przez Edwarda Gierka. Został zastępcą członka Biura Politycznego KC PZPR, a w 1971 roku - członkiem Biura.

13 grudnia 1981 r. Jaruzelski wprowadził w Polsce stan wojenny i stanął na czele pozakonstytucyjnej Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego (WRON). Zdaniem wielu historyków Jaruzelski ponosił odpowiedzialność za masowe represje stosowane w tym okresie wobec społeczeństwa. Niewyjaśniony pozostaje udział Jaruzelskiego w zleceniu zamordowania kapelana Solidarności ks. Jerzego Popiełuszki.