Wśród zasiadających na ławie oskarżonych byli między innymi: Komendant Sił Zbrojnych na Kraj generał Leopold Okulicki i przewodniczący Rady Jedności Narodowej Kazimierz Pużak. Oskarżono ich o przygotowywanie wraz z Niemcami ataku na Związek Radziecki. Zarzucono im też tworzenie oddziałów bojowych i grup terrorystycznych, które miały mordować przeciwników Armii Krajowej oraz radzieckich wojskowych. W akcie oskarżenia podano liczbę rzekomych ofiar "polskiego terroru" - stu żołnierzy.

Był to jeden z najgłośniejszych procesów pokazowych, którymi komunistyczne władze, także w Polsce, próbowały zastraszyć społeczeństwo. Czterodniowy proces przed Kolegium Wojskowym Sądu Najwyższego w Moskwie rozpoczął się 18 czerwca 1945 roku. Rozprawom nadano wielki rozgłos, co miało zdyskredytować w oczach świata legalne władze Rzeczpospolitej oraz antykomunistyczny ruch oporu w Polsce.

13 z 16 oskarżonych skazano na kary więzienia, od 10 lat do 4 miesięcy. Generał Leopold Okulicki, Jan Stanisław Jankowski oraz Stanisław Jasiukowicz zmarli w radzieckich więzieniach. Pozostali wrócili do Polski, lecz wielu z nich po powrocie ponownie aresztowano. Ostatni z Procesu Szesnastu - Adam Bień - zmarł w 1998 roku, w wieku 99 lat.

W dniu, kiedy ogłaszano wyroki, 21 czerwca 1945 roku, także w Moskwie, trwały w obecności Stalina rozmowy między londyńskim wicepremierem Stanisławem Mikołajczykiem a Władysławem Gomułką i Bolesławem Bierutem, reprezentującymi komunistyczny Rząd Tymczasowy. Rozmowy dotyczyły utworzenia Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, autoryzowanego przez Amerykanów i Brytyjczyków.

Wcześniej, jeszcze przed zakończeniem wojny, kierownictwo Polski Podziemnej zostało zaproszone do siedziby NKWD w Pruszkowie na rozmowy z generałem Iwanem Sierowem. Polacy udali się tam 27 i 28 marca z gwarancją nietykalności, jednak zostali aresztowani i uwięzieni na Łubiance. Po ich porwaniu mocarstwa zachodnie ograniczyły się jedynie do złożenia oświadczeń protestacyjnych.

Akt oskarżenia objął: Delegata Rządu na Kraj Jana Stanisława Jankowskiego, Komendanta Sił Zbrojnych na Kraj generała Leopolda Okulickiego, ministrów Krajowej Rady Ministrów: Adama Bienia, Antoniego Pajdaka i Stanisława Jasiukowicza, przewodniczącego Rady Jedności Narodowej Kazimierza Pużaka, a także przywódców stronnictw politycznych: Stronnictwa Ludowego - Kazimierza Bagińskiego i Stanisława Mierzwę, Stronnictwa Narodowego - Zbigniewa Stypułkowskiego i Kazimierza Kobylańskiego, Stronnictwa Pracy - Józefa Chacińskiego i Franciszka Urbańskiego, Stronnictwa Demokratycznego - Eugeniusza Czarnowskiego i Stanisława Michałowskiego oraz tłumacza Józefa Stempler Dąbskiego i Aleksandra Zwierzyńskiego.

Sądowi przewodził generał Wasilij Ulrych. W latach 1936-1938 przewodniczył on sądom, które skazywały masowo na śmierć tysiące bolszewików tępionych w wielkiej czystce Stalina.