W ocenie profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego, pion śledczy IPN ma niewielki dorobek, mimo szerokich kompetencji prawnych. Historyk przekonywał, że prokuratorzy Instytutu nie wykorzystali tych możliwości do poszukiwania dokumentów ukrywanych w domach byłych esbeków. - Myślę, że to oznacza właśnie złe działanie czy - powiedzmy inaczej, bardziej adekwatnie - zaniechanie działania - dodał gość Polskiego Radia 24.

Profesor Nowak mówił też, że ujawnienie PRL-owskich archiwów utrudniał - jak się wyraził - polityczno-medialny konsensus, zawarty u progu III RP. Jak wyjaśniał, to swoiste porozumienie polegało na oddzieleniu przeszłości grubą kreską przy udawaniu, że nie ma problemów z przejściem z PRL do III RP.

- Powtarzano zaklęcie, że w tych materiałach jest tylko zło i o nim należy zapomnieć - uważa profesor Andrzej Nowak. Jednak - jego zdaniem - owo zło wraca przy okazji każdej afery, którą może wywołać ten, kto dysponuje materiałami z archiwów PRL. - Przeciąć można to było tylko zdecydowaną akcją pozbawienia takiej możliwości prywatnych właścicieli państwowych archiwów. Do tego była potrzeba odwaga, a być może wsparcie polityczne ze strony tych, którzy parasol polityczny nad IPN roztaczali  - ocenił historyk z UJ.

Profesor Andrzej Nowak zwracał również uwagę, że na wyjaśnienie czeka nie tylko sprawa archiwum Czesława Kiszczaka, ale też sprawy trzech duchownych skrytobójczo zamordowanych w 1989 roku - księży Stefana Niedzielaka, Stanisława Suchowolca i Sylwestra Zycha.