Renata Mazur, rzeczniczka prowadzącej śledztwo Prokuratury Okręgowej Warszawa-Praga, ujawnia, że Stokłosie postawiono aż 21 zarzutów. Wśród nich są oskarżenia o wręczanie łapówek, ale także o zanieczyszczanie środowiska. Senator zasłynął właśnie m.in. tym, że na smród i zanieczyszczenia z jego fimy skarżyli się okoliczni mieszkańcy.

Prokuratura podejrzewała, że Stokłosa w latach 1989-2005 załatwił sobie nielegalnie umorzenie wielomilionowych podatków dzięki powiązaniom ze skorumpowanymi urzędnikami resortu finansów, a także sędzią sądu administracyjnego z Poznania.

Stokłosę - poszukiwanego międzynarodowym listem gończym - zatrzymała w 2007 r. niemiecka policja. Został w grudniu 2007 r. wydany Polsce na mocy Europejskiego Nakazu Aresztowania. Warszawski sąd aresztował go.