Śmierć ks. Jerzego 19 października 1984 r. była finałem wieloletnich szykan, inwigilacji i prowokacji wobec kapłana. Ten skromny, cichy człowiek, niepozornej postury był traktowany przez juntę gen. Wojciecha Jaruzelskiego jak jeden z największych wrogów. O wściekłości ówczesnej władzy świadczą chociażby nieustanne ataki na jego osobę ówczesnego rzecznika rządu Jerzego Urbana. "Nagonka wobec ks. Jerzego była tak wielka, że wiosną 1984 r. zaprotestował przeciwko niej w oficjalnym komunikacie Episkopat" - przypomina historyk dr Jan Żaryn.
W 1980 r. 33-letni kapłan zdążył już odbyć służbę wojskową w specjalnej jednostce dla kleryków i być wikarym w kilku parafiach archidiecezji warszawskiej. "Solidarność" zastała go w parafii św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu. Od razu zaangażował się w posługę duszpasterską dla związkowców, m.in. w Hucie Warszawa. Z czasem zaczął odprawiać Mszę za Ojczyznę, czego nie zaprzestał w stanie wojennym. Jego homilie, zawierające zdecydowany sprzeciw wobec komunizmu, z powtarzanym często słynnym wezwaniem św. Pawła: "Zło dobrem zwyciężaj", sprawiły, że przybywały na nie tłumy, nie tylko z Warszawy, ale z całej Polski. "Siła ks. Popiełuszki polegała na tym, że świat dobra i dialogu, który reprezentował, zderzał się ze światem agresji i przemocy ówczesnej władzy" - opisuje istotę jego fenomenu sen. Krzysztof Piesiewicz, oskarżyciel w procesie zabójców ks. Jerzego.
Nieprzejednana postawa kapłana sprawiła, że ówczesna władza zdecydowała się na zbrodnię. "Służby specjalne oplotły ks. Jerzego całą siecią agentów, podejmowały przeróżne działania operacyjne, władze interweniowały u Księdza Prymasa, a gdy wszytko zawiodło, zamordowali go" - tłumaczy dr Żaryn.
Wiadomość o śmierci ks. Jerzego była szokiem dla społeczeństwa, a jej skutków przestraszyły się także ówczesne władze. Pogrzeb męczennika 3 listopada, w którym uczestniczyło kilkaset tysięcy ludzi, stał się wielką manifestacją wolności. Dlatego Jaruzelski zgodził się na proces i skazanie czterech bezpośrednich sprawców zbrodni, na czele z kpt. Grzegorzem Piotrowskim. Dziś wszyscy są już na wolności.
Po odzyskaniu wolności próbowano ustalić, kto był mocodawcą zbrodni. Na ławie oskarżonych zasiedli nawet generałowie MSW Władysław Ciastoń i Zenon Płatek, ale obaj zostali w 1994 r. uniewinnieni z zarzutu o udział w kierowaniu zabójstwem.
Jedna z głównych postaci całej tragedii, ówczesny szef MSW gen. Czesław Kiszczak, do dziś milczy.
Historyk IPN dr Antoni Dudek wątpi w całkowite wyjaśnienie okoliczności śmierci kapłana. "Im więcej czasu upływa od jego śmierci, tym mniejsze szanse na poznanie prawdy" - twierdzi pesymistycznie.
