Jednoznaczne stanowisko IPN wiąże się z opublikowaniem pracy "Aparat represji wobec księdza Jerzego Popiełuszki 1982 – 1984". Chrostowskiego o związki z SB oskarżył w 2005 roku Wojciech Sumliński, autor książki "Kto naprawdę Go zabił".

>>> Ks. Jankowski to kontakt operacyjny SB

"Te spekulacje przecinamy, ale na plus. Na dzień dzisiejszy w IPN nie ma żadnych materiałów świadczących o tym, że był współpracownikiem. Są natomiast dowody, że był rozpracowywany jako figurant sprawy krypt. >Desperat<. Zapis, istniejący w ewidencji: >zabezpieczenie operacyjne< nie może być interpretowany, sam w sobie, jako dowód na jakąkolwiek współpracę" - mówi prof. Żaryn.

IPN postanowił też przeciąć medialne spekulacje i potwierdzić fakt, że w latach1980 - 82 ks. prałat Henryk Jankowski został zarejestrowany jako współpracownik SB - w kategorii "kontakt operacyjny" - o kryptonimie "Delegat" i "Libella". "Dokumenty nie pozostawiają co do tego wątpliwości" - mówi prof. Żaryn.