W październiku 2009 r. Sąd Okręgowy w Warszawie uchylił wyrok, skazujący Szeremietiewa na 3 tys. zł grzywny za dopuszczenie Farmusa do tajemnic w latach 2000-01. Sąd uwzględnił wtedy apelację Szeremietiewa. Wobec niezłożenia apelacji przez prokuraturę, uprawomocniła się już inna część wyroku Sądu Rejonowego dla Warszawy-Śródmieścia z października 2008 r., który uniewinnił Szeremietiewa z zarzutów korupcyjnych.
Jest on oskarżony o ujawnianie informacji niejawnych Farmusowi, któremu miał według oskarżenia od września 2000 r. do stycznia 2001 r. bezprawnie udostępnić 50 tajnych dokumentów, w tym niejawne pisma MSZ i WSI (Farmus nie miał od września 2000 r. certyfikatu dostępu do tajemnic). Sprawa, która wcześniej była utajniona, teraz toczy się co do zasady jawnie; sąd będzie utajniał tylko części procesu.
Szeremietiew nie przyznał się do zarzutu niedopełnienia obowiązków - za co grozi mu do 5 lat więzienia. Powiedział sądowi, że to ówczesny szef MON Bronisław Komorowski odpowiadał za ochronę tajemnic w resorcie, bo to jemu bezpośrednio podlegała placówka kontrwywiadu WSI. "Dopiero minister mógł mi wskazać, że pojawiają się nieprawidłowości; miałem prawo przypuszczać, że jeśli on mi nie wydaje zaleceń w tym zakresie, to obieg dokumentów odbywa się zgodnie z prawem" - dodawał ma jednej z poprzednich rozpraw. Podkreślił, że sprawa nie naraziła na szwank bezpieczeństwa narodowego.
Proces jest już bliski zakończenia. Do przesłuchania pozostał tylko prezydent Komorowski. Był on wezwany na 17 czerwca, wtedy jednak - jako marszałek Sejmu wykonujący obowiązki prezydenta RP zwrócił się o wyznaczenie innego terminu przesłuchania. Jak napisał na swym blogu Szeremietiew, Komorowski w piśmie sam sugerował 30 sierpnia. Tego dnia jednak nie stawił się w sądzie. Był obecny na Wybrzeżu, gdzie uczestniczył w obchodach 30-lecia wydarzeń sierpniowych.
Prowadzący proces sędzia Piotr Ermich zlecił sądowemu sekretariatowi formalne skontaktowanie się z Kancelarią Prezydenta, ustalenie przyczyn nieobecności Komorowskiego na rozprawie 30 sierpnia i ustalenie nowego terminu przesłuchania.
"Wciąż brak informacji o przyczynach nieobecności pana Komorowskiego. Do dziś nie udało się ustalić nowego terminu przesłuchania świadka" - oświadczył w środę sędzia Ermich. Wobec tego, sąd bezterminowo odroczył proces. W tym czasie ma zostać ustalone, czy i kiedy prezydent będzie przesłuchany. Już teraz wiadomo, że zeznania będą niejawne - z uwagi na sprawy, o których mówić ma prezydent, będący wówczas szefem MON.
Śledztwo wobec Szeremietiewa wszczęto, gdy był on wiceministrem w rządzie Jerzego Buzka, w lipcu 2001 r. - po artykule "Rzeczpospolitej". Gazeta napisała wtedy, że Farmus żądał od firm zbrojeniowych łapówek w imieniu szefa, który miał także bezprawnie dopuścić go do tajnych materiałów. Dziennik twierdził też, że Szeremietiew wydawał więcej niż zarabiał; kupił m.in. okazały dom pod Warszawą.
Wiceminister zaprzeczył zarzutom. Po publikacji został zawieszony, a potem odwołany z MON na wniosek ówczesnego szefa resortu Bronisława Komorowskiego. W marcu tego roku Szeremietiew zarzucił Komorowskiemu, że zlecił on wtedy WSI jego inwigilację. Komorowski replikował, że to normalna rzecz, iż kontrwywiad "osłania" wielkie, wielomiliardowe przetargi, poddając szczególnej kontroli ludzi, którzy je organizują.
W 2002 r. Urząd Skarbowy w Piasecznie umorzył postępowanie podatkowe wobec Szeremietiewa, uznając, że jego majątek pochodzi z legalnych i jawnych źródeł. W 2004 r. Prokuratura Apelacyjna w Warszawie oskarżyła Szeremietiewa o pięć przestępstw, m.in. korupcję, przekroczenie uprawnień i działanie na szkodę interesu publicznego przez bezprawne zmiany zasad dwóch przetargów w MON.
Według aktu oskarżenia miał on w 1998 r. za łapówkę zmienić kryteria przetargu na kupno aut dla MON, tak by wygrała spółka Fiat Auto Poland. Łapówką miało być kupno przezeń lancii o wartości 125 tys. zł za 52 tys. od dealera Fiata Krzysztofa S. Inny zarzut korupcyjny dotyczył rzekomego żądania od dyrektora Wojskowych Zakładów Lotniczych w Bydgoszczy nawiązania współpracy z firmą należącą do Małgorzaty S., znajomej Szeremietiewa, który miał liczyć na udział w zyskach. Ponadto Szeremietiewa oskarżono o ujawnianie informacji niejawnych osobie nieuprawnionej - czyli Farmusowi.
Szeremietiewowi, który nie przyznawał się do winy, groziło do 10 lat więzienia. Razem z nim oskarżono Krzysztofa S. - za udzielenie Szeremietiewowi korzyści majątkowej oraz Małgorzatę S. - za obietnicę tego. Prokurator wnosił o "niski wyrok w zawieszeniu" dla Szeremietiewa, obrona - o uniewinnienie.
Po trwającym od września 2005 r. procesie Szeremietiewa uniewinniono od głównych zarzutów korupcyjnych. Dwa zarzuty co do zmiany kryteriów przetargów umorzono z powodu przedawnienia. Uznano winę co do bezprawnego dopuszczenia Farmusa do czterech - a nie 50, jak chciała prokuratura - tajnych akt. Uniewinniono również Krzysztofa S. i Małgorzatę S.
Po wyroku Szeremietiew - obecnie wykładowca w KUL - nie ukrywał satysfakcji, choć był zaskoczony skazaniem za Farmusa. Gdy proces ruszał, mówił on, że za zarzutami mogą stać "ludzie z tajnych służb". Dodawał, że oskarżenie jest bezzasadne, a śledztwo prowadzono stronniczo, korzystając z niewiarygodnych świadków i naciągając dowody. Prokuraturze zarzucił działanie z motywów politycznych "na zamówienie rządu Leszka Millera".
W grudniu 2006 r. Farmus został uznany w innym procesie za winnego ujawniania kontrahentom resortu tajnych informacji z przetargów - za co skazano go na 2,5 roku więzienia. Zarazem sąd uniewinnił Farmusa od wszystkich zarzutów mówiących o żądaniu i przyjmowaniu łapówek w łącznej kwocie 170 tys. dolarów. Farmus trafił do aresztu w lipcu 2001 r., po spektakularnym zatrzymaniu go przez Urząd Ochrony Państwa na promie płynącym do Szwecji.
Szeremietiew bronił Farmusa, który - według niego - nie miał dostępu do żadnych tajnych akt, a zatrzymanie go na promie obcej bandery płynącym do Szwecji było "aktem piractwa". "Można go było zatrzymać wcześniej, był obserwowany, kupował bilet pod własnym nazwiskiem" - mówił Szeremietiew.
W 2009 r. Sąd Okręgowy w Warszawie utrzymał wyrok uniewinniający Szeremietiewa wraz z Farmusem z zarzutu przywłaszczenia pieniędzy Fundacji Niepodległości Polski.
64-letni obecnie Szeremietiew w PRL działał w opozycji; w 1979 r. zakładał Konfederację Polski Niepodległej. W procesie kierownictwa KPN został skazany w 1982 r. na 5 lat więzienia. W rządzie Jana Olszewskiego był w 1992 r. wiceszefem MON; od maja do czerwca kierował resortem po urlopowaniu Jana Parysa. Współzałożyciel Ruchu dla Rzeczypospolitej. W latach 1997-2001 poseł AWS.
