W wywiadzie dla Radia Gdańsk Nowak powiedział m.in. że Karnowski jest "bardzo dobrym samorządowcem" i zasługuje na poparcie Platformy. Po tej zapowiedzi z kandydowania na urząd prezydenta zrezygnowali dwaj radni i członkowie PO w Sopocie, Cezary Jakubowski i Jarosław Kempa.
W czerwcu tego roku Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku skierowała do sądu przeciwko Karnowskiemu akt oskarżenia zawierający sześć zarzutów, w tym pięć korupcyjnych m.in. żądanie łapówki w postaci dwóch mieszkań od miejscowego biznesmena Sławomira Julkego.
Na początku lipca Sąd Rejonowy w Sopocie zwrócił jednak ten akt oskarżenia do prokuratury uznając, że konieczne jest jeszcze uzupełnienie materiału dowodowego. Prokuratura Apelacyjna złożyła zażalenie na tę decyzję. Odwołanie rozpatrzy 14 września Sąd Okręgowy w Gdańsku.
W maju 2009 r. po postawieniu pierwszych zarzutów, z inicjatywy Karnowskiego odbyło się w Sopocie referendum ws. odwołania go z funkcji prezydenta miasta. Większość głosujących uznała, że Karnowski powinien pozostać na swoim stanowisku.
W lipcu 2008 r. po nagłośnieniu tzw. afery sopockiej Karnowski zrzekł się członkostwa w PO, której był na Pomorzu jednym z założycieli. Kilku sopockich radnych, którzy poparli w tym czasie Karnowskiego zostało zawieszonych, a sam lider PO, premier Donald Tusk przeniósł się do gdańskiego koła partii.
