Naczelna Prokuratura Wojskowa podjęła taką decyzję, by uniknąć zarzutów o brak obiektywizmu, gdyż doniesienie skierowano do Wojskowej Prokuratury Okręgowej w Warszawie, która prowadzi główne śledztwo ws. katastrofy. Wniosła o to sama warszawska WPO.

Jak powiedział w poniedziałek PAP rzecznik NPW płk Zbigniew Rzepa, z tego samego powodu wystąpiono do Prokuratora Generalnego, by oddelegował do prowadzenia tej sprawy prokuratora z prokuratury powszechnej, a nie wojskowej.

20 września szef zespołu parlamentarnego ws. katastrofy Antoni Macierewicz (PiS) poinformował, że we wniosku do WPO w Warszawie pełnomocnik Kaczyńskiego, mec. Piotr Pszczółkowski zarzucił prokuratorom, że m.in. nie wnioskowali o dopuszczenie do udziału i nie uczestniczyli w sekcjach zwłok 95 ofiar, prowadzonych w Rosji.

Pełnomocnik uważa, że na podstawie porozumienia zawartego pomiędzy polskimi i rosyjskimi prokuratorami w nocy z 10 na 11 kwietnia 2010 r. polscy prokuratorzy posiadali zgodę strony rosyjskiej na wnioskowanie o przeprowadzenie i udział w czynnościach. Jego zdaniem w wyniku podjętych decyzji, na terenie Polski nie wykonano oględzin zwłok ani badań sekcyjnych.

Po rozpatrzeniu zawiadomienia, prokuratura albo wszczyna śledztwo w danej sprawie, albo tego odmawia.

We wrześniu prokuratorzy wojskowi przeprowadzili w Gdańsku i Warszawie ekshumacje dwóch ofiar katastrofy: Anny Walentynowicz i Teresy Walewskiej-Przyjałkowskiej. Badania genetyczne jednoznacznie wskazały, że oba ciała zamieniono. Prokuratura zapowiada ekshumacje czterech kolejnych ofiar katastrofy. Według prokuratora generalnego Andrzeja Seremeta przyczyną nieprawidłowej identyfikacji tych ciał było nietrafne ich rozpoznanie przez członków rodzin. Pomyłkę wykryli sami Rosjanie jeszcze w 2010 r. Dokumenty z Rosji w tej kwestii dotarły do polskiej prokuratury dopiero w maju br., a na język polski przetłumaczono je w końcu lipca.