Minister - który w sobotę w Sejmie wziął udział w konferencji poświęconej ks. Franciszkowi Blachnickiemu założycielowi Ruchu Światło-Życie - był później pytany przez dziennikarzy o krążące w internecie i niektórych mediach nieoficjalne doniesienia jakoby Słowacja, która razem z Polską jest państwem ramowym CEK NATO, miała wycofać się ze współpracy, a samo Centrum miałoby zostać przeniesione poza nasz kraj. W piątek późnym wieczorem pełnomocnik MON ds. CEK NATO Mariusz Marasek oświadczył, że informacje te są nieprawdziwe.

- Wiem, ile jest kłamstwa, fałszu i dezinformacji, które mają przedstawić w złym świetle Polskę. W sposób oczywisty Centrum Eksperckie (Kontrwywiadu) NATO funkcjonuje, działa. Wszystkie kraje w nim biorą udział, tak Słowacja, jak i osiem pozostałych krajów  - powiedział szef MON. - Kłamstwo udaje swoją siłę, ale tak naprawdę słabe  - dodał.

Pytany o ewentualne przeniesienie CEK NATO z Krakowa Macierewicz odpowiedział: - Ja jestem patriotą polskim, nacjonalistą warszawskim, więc nie wykluczam, że kiedyś siedziba zostanie przeniesiona do Warszawy, ale na razie jest w Krakowie i na pewno pozostanie w Polsce.

W piątek wieczorem Marasek oświadczył, że informacje o rzekomym wycofaniu się Słowacji z Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO w Krakowie lub planach przeniesienia Centrum poza granice Polski są nieprawdziwe. - Centrum Eksperckie Kontrwywiadu NATO w Krakowie uzyskało akredytację NATO i wykonuje swoje statutowe obowiązki na rzecz Sojuszu i państw współtworzących Centrum. Współpraca Polski i Słowacji, jako państw ramowych - współtworzących CEK NATO - układa się dobrze, podobnie jak współdziałanie przedstawicieli Polski i Słowacji z przedstawicielami pozostałych 8 państw uczestniczących w tym przedsięwzięciu. Centrum Eksperckie pracuje sprawnie i bez zakłóceń - napisał pełnomocnik MON.

Pod koniec lutego 2017 r. CEK NATO uzyskało akredytację i od tego czasu jest pełnoprawnym ośrodkiem Sojuszu. Wcześniej, w październiku 2016 r. komitet sterujący, czyli przedstawiciele ministrów obrony wszystkich zaangażowanych państw, zatwierdził budżet, strukturę i plan pracy, dzięki czemu Centrum stało się instytucją międzynarodową. Marasek podkreślał na początku marca, że instytucja powstała w rekordowo krótkim czasie w porównaniu z innymi centrami eksperckimi NATO.

Krakowskie centrum to 24. tego typu ośrodek w NATO, a drugi w Polsce - obok Centrum Eksperckiego Policji Wojskowej w Bydgoszczy. Polska jest zaangażowana w prace 13 centrów eksperckich NATO.

Zadaniem CEK NATO jest udział w opracowywaniu doktryn kontrwywiadowczych Sojuszu, prowadzenie specjalistycznych kursów i szkoleń, wspieranie procesów oraz analizowanie wniosków i oświadczeń z dotychczasowych operacji.

Porozumienie o utworzeniu natowskiego Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu (ang. NATO Counter Intelligence Centre Of Exellence, NATO CI COE) zostało podpisane we wrześniu 2015 r. w siedzibie sojuszniczego dowództwa ds. transformacji (ACT) w amerykańskim Norfolk. Kwatera główna centrum ma się znajdować w Krakowie (jest w trakcie budowy), część obiektów ulokowano na Słowacji, by wykorzystać tamtejszy ośrodek poligonowy. Poza Polską i Słowacją, które zostały państwami ramowymi, w powołanie Centrum włączyły się Chorwacja, Czechy, Litwa, Niemcy, Rumunia, Słowenia, Węgry i Włochy. Wśród żołnierzy i funkcjonariuszy CEK NATO najwięcej jest Polaków, na drugim miejscu Słowacy; konkretne liczby są niejawne.

18 grudnia 2015 r. w nocy MON zmieniło kierownictwo Centrum, do wkroczył Bartłomiej Misiewicz - ówczesny pełnomocnik MON ds. CEK NATO - z oficerami SKW i żołnierzami Żandarmerii Wojskowej. Premier Beata Szydło oceniła wówczas, że to nic nadzwyczajnego. Opozycja mówiła o skandalu i utracie wiarygodności w NATO. Sam Sojusz uznał, że to sprawa polskich władz, bo centrum nie ma jeszcze akredytacji przy NATO.

Od stycznia 2016 r. trwa śledztwo m. in. w sprawie ujawnienia informacji niejawnych przez funkcjonariuszy oddelegowanych z SKW do CEK NATO. Zawiadomienia złożyli Misiewicz i szef SKW Piotr Bączek. Ten ostatni zawiadomił też prokuraturę o odnalezieniu dokumentów niejawnych, które znajdowały się w pokojach zajmowanych przez osoby delegowane wtedy do Centrum i które były w posiadaniu osób, które nie powinny dysponować tą dokumentacją (jak mówił w marcu 2017 r. szef SKW, prokuratura postawiła zarzuty dwóm osobom). Inne zawiadomienie Bączka do prokuratury dotyczy interpelacji poselskich, których projekty znaleziono w CEK i które - jak powiedział szef SKW - "w tym samym czasie zostały złożone przez posłów PO".

Zawiadomienia do prokuratury w sprawie złamania prawa podczas wejścia do CEK NATO złożyli także odwołany przez MON szef powstającego CEK NATO płk Krzysztof Dusza i były szefem SKW gen. bryg. rez. Piotr Pytel.

1 marca MON poinformowało, że sąd uznał, że asysta żandarmów przy wejściu do CEK MON była legalna i nie oznaczała przekroczenia uprawnień.