IPN stawia Kiszczakowi zarzut przekroczenia uprawnień. 11 lipca 1985 Kiszczak - ówczesny szef MSW - wydalił ze służby porucznika Wojewódzkiego Urzędu Spraw Wewnętrznych w Koszalinie Romualda K. Formalnie powodem był "ważny interes służby". Jednak zdaniem Instytutu, chodziło o to, że córka porucznika przystąpiła do pierwszej komunii.

IPN uznał działanie Kiszczaka za dyskryminację wyznaniową i zbrodnię komunistyczną. Sam generał nie przyznał się do winy. Twierdził, że przestrzegał wszystkich praw PRL.

Postanowienie o przedstawieniu zarzutów 82-letniemu Czesławowi Kiszczakowi IPN wydał już 12 lipca, ale dopiero teraz udało się przesłuchać byłego ministra w charakterze podejrzanego. Podobny zarzut - dotyczący bezprawnego zwolnienia z pracy milicjanta - Kiszczakowi postawił już IPN w Gdańsku.

Czesław Kiszczak jest też jednym z dziewięciu oskarżonych w procesie o bezprawne wprowadzenie 13 grudnia 1981 r. stanu wojennego. Odpowiada również za decyzję o pacyfikacji strajkujących zakładów.