Sąd ustalił, że SB zarejestrowała w 1987 roku Handzlika - wówczas 21-letniego studenta teologii z Katolickiego Uniwersystetu Lubelskiego - jako tajnego współpracownika o pseudonimie Piotr, ale "na wyrost", mimo że na rozmowie werbunkowej odmówił on współpracy.

Jak mówił w wystąpieniu końcowym prokurator IPN Jarosław Skrok, SB traktowała Handzlika "perspektywicznie" i miała nadzieję nakłonić go do współpracy (tym bardziej, że w tamtym okresie chciał on wstąpić do zakonu, co SB zamierzała wykorzystać), co jednak się nie powiodło. Handzlik został wyrejestrowany w styczniu 1989 roku.

Przed Sądem Okręgowym w Warszawie, który prowadził proces autolustracyjny, zarówno prokurator IPN, jak i obrońca Handzlika, wnieśli o stwierdzenie, że obecny minister w Kancelarii Prezydenta RP nie był agentem SB. Tej treści oświadczenie lustracyjne złożył Handzlik i sąd to zaakceptował.