W 2007 roku Bronisław Kwiatkowski wrócił z trwającej niemal dwa lata misji w Iraku (dowodził VII zmianą) i objął stanowisko dowódcy operacyjnego sił zbrojnych. Tym samym zaczął odpowiadać za wszystkie misje polskich żołnierzy poza granicami kraju.

Był oceniany bardzo wysoko, choć w jego karierze nie brakowało dramatycznych zwrotów. Po tragicznej śmierci w Afganistanie kapitana Daniela Ambrozińskiego jesienią 2009 roku generał chciał się poddać do dymisji. Według relacji mediów znajdował się w potężnym konflikcie z najbliższymi współpracownikami ministra obrony narodowej Bogdana Klicha i sam złożył rezygnację.

"W ostatnim okresie ze strony otoczenia Ministra ON pojawiały się poważne zarzuty i oskarżenia wobec mojej osoby i Dowództwa Operacyjnego Sił Zbrojnych. W trakcie osobistej rozmowy z szefem MON moje argumenty zostały przyjęte i zrozumiane i zostałem osobiście przeproszony za niesłuszne pomówienia" - napisał w oświadczeniu, które zakończyły konflikt.

Był wielokrotnie odznaczany, m.in Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Komandorskim Orderu Krzyża Wojskowego, Złotym Krzyżem Zasługi.