Diarrę aresztowało 20 żołnierzy, którzy wdarli się do rezydencji premiera w Bamako, tuż przed jego wyjazdem do Paryża na badania lekarskie. Szefa rządu zatrzymano na rozkaz kapitana Amadou Sanogo, który w marcu tego roku stał na czele przewrotu wojskowego w tym kraju. Diarrę przewieziono do bazy wojskowej. 

Cheick Modibo Diarra wielokrotnie apelował o międzynarodową interwencję wojskową w północnej części Mali, opanowanej przez islamskich rebeliantów powiązanych z Al-Kaidą. Przeciwny interwencji jest kapitan Amadou Sanogo.

Sanogo stanął na czele junty wojskowej, która w marcu br. dokonała zamachu stanu. Po dwóch tygodniach wojskowi ulegli naciskom strony organizacji międzynarodowych oraz wielu państw, w tym krajów z regionu Afryki Zachodniej, i przekazali władzę cywilom. Szefem tymczasowego rządu został Cheick Modibo Diarra. Członkowie junty zostali objęci immunitetem. Kapitan Sanogo i jego ludzie zachowali znaczne wpływy w Bamako.