Obywatele Pakistanu od dawna twierdzili, iż nie wierzą, by okoliczności jej śmierci zostały w pełni wyjaśnione.

Zaraz po zamachu w Rawalpindi media w Pakistanie informowały, iż Benazir Bhutto została ostrzeżona przez ówczesne władze Pakistanu, kierowane przez Muszarrafa, iż jej życie jest zagrożone zamachem i nie powinna ona powracać do kraju z politycznej emigracji, a w przypadku powrotu powinna ograniczyć publiczne wystąpienia.

Dochodzenie w sprawie zabójstwa Bhutto prowadzone było już wcześniej przez ekspertów Scotlad Yardu oraz międzynarodową komisję pod auspicjami ONZ. W obu śledztwach ograniczono się do przedstawienia sposobu przeprowadzenia zamachu, ale nie wskazano jego organizatorów i zleceniodawców.

W 2011 roku trybunał antyterrorystyczny w Rawalpinidi w Pakistanie zarzucił Muszarrafowi, iż umożliwił swoimi działaniami przygotowanie zamachu na Benazir Bhutto oraz stworzył warunki, w których główny zleceniodawca mordu, przywódca talibów Baitullah Mehsud, mógł wysłać do Rawalpindi morderców byłej premier.