Najważniejszy konflikt dotyczy jednak właśnie jej. Pierwsze działania Komisji Europejskiej w tym zakresie odbyły się już w styczniu 2016 roku, jeszcze przed uchwaleniem przez Sejm nowych ustaw o Sądzie Najwyższym i Krajowej Radzie Sądownictwa. Wówczas powodem były zmiany w Trybunale Konstytucyjnym – nowelizacja ustawy dotyczącej tego organu oraz unieważnienie wyboru pięciu sędziów Trybunału Konstytucyjnego i wybór nowych członków TK. Komisja Europejska przeprowadziła wówczas ocenę stanu prawnego w Polsce, a rząd ustosunkował się do ustaleń KE. Ta jednak z powodu niesatysfakcjonującej odpowiedzi przeszła do następnych kroków.

W lipcu 2016 roku wysłano do Warszawy pierwsze zalecenia dotyczące kwestii Trybunału Konstytucyjnego. Warto pamiętać, że równolegle do postępowania KE w sprawę zaangażowane były również inne instytucje takie jak Parlament Europejski, którego stanowisko wyrażane w przegłosowywanych rezolucjach było tożsame z działaniami Komisji Europejskiej. Działająca przy Radzie Europy Komisja Wenecka zaproszona przez ówczesnego szefa MSZ Witolda Waszczykowskiego do Polski również formułowała własne opinie.
Strona polska dostosowała się do części rekomendacji KE i Komisji Weneckiej – likwidacji uległo np. proponowane przez PiS podejmowanie decyzji w TK większością 2/3 składu orzekającego czy bezwzględne rozpatrywanie spraw według kolejności wpływania. Nie opublikowano jednak wyroków Trybunału z 2016 roku - uczyniono to dopiero dwa lata później z adnotacją, że dotyczyły one aktów, które utraciły swą moc. Do dziś nie zaprzysiężono również dwóch sędziów, którzy zdaniem KE i Komisji Weneckiej zostali wybrani zgodnie z prawem.

W trakcie toczącego się sporu o Trybunał Konstytucyjny, Sejm w lipcu 2017 roku przegłosował ustawy o Krajowej Radzie Sądownictwa, Sądzie Najwyższym i ustroju sądów powszechnych. Mimo prezydenckiego weta do dwóch pierwszych aktów, od tamtej pory kwestie te zostały niejako dokooptowane do unijnej procedury odnośnie działania Trybunału Konstytucyjnego. Łącznie Komisja Europejska cztery razy wystosowywała zalecenia w sprawie praworządności. Dwukrotnie zawierały one również instrukcje dotyczące ustaw sądowych.

Z powodu dalszej pogłębiającej się różnicy zdań między Warszawą a Brukselą i kolejnych bezowocnych rozmów, zarówno Parlament Europejski, jak i Komisja Europejska w grudniu 2017 zdecydowały się pierwszy raz w historii UE sięgnąć po tzw. opcję atomową, czyli rozpocząć procedurę przewidzianą w art. 7 ust. 1 Traktatu o Unii Europejskiej mającą na celu stwierdzenie występowania wyraźnego ryzyka poważnego naruszenia wartości europejskich przez państwo członkowskie.

Kolejne kroki Komisji Europejskiej, choć bezprecedensowe i dość spektakularne, najprawdopodobniej nie przyniosą żadnego konkretnego rezultatu z dwóch zasadniczych powodów. Przede wszystkim do zakończenia procedury stwierdzającej ryzyko konieczna jest zgoda 4/5 państw członkowskich na forum Rady Europejskiej i 2/3 głosów w Parlamencie Europejskim. Do ewentualnych sankcji – czyli pozbawienia Polski prawa głosu - konieczna jest natomiast jednomyślność Rady Europejskiej. Nic nie wskazuje, aby tak się stało – oprócz Węgier, niewykluczone, że przeciwko zawieszeniu Polski wystąpią również inne państwa Europy Środkowo-Wschodniej. Po drugie, w przyszłym roku odbędą się kolejne wybory do Parlamentu Europejskiego, który wybierze nowy skład Komisji Europejskiej. Jeśli dojdzie do prognozowanego wzrostu poparcia dla eurosceptycznych ugrupowań, najprawdopodobniej nie będą one zainteresowane kontynuacją działań względem polskiego rządu.

Kontrola praworządności to jednak niejedyny instrument, którym posługuje się Komisja Europejska w sprawie polskich reform sądowych. Inną podjętą już możliwością jest wszczęcie postępowania w sprawie uchybienia zobowiązaniom państwa członkowskiego. W tej procedurze Komisja najpierw wzywa do usunięcia uchybienia. Następnie, po otrzymaniu odpowiedzi od państwa członkowskiego może wydać tzw. uzasadnioną opinię. Dopiero po tych etapach KE ewentualnie kieruje sprawę do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, który może np. zasądzić wysokie kary pieniężne bądź wezwać do zmiany prawa. W ten sposób Komisja Europejska podjęła interwencję w lipcu ubiegłego roku w kwestii ustawy o ustroju sądów powszechnych. Sprawa przeszła już wszystkie etapy i w tej chwili zajmuje się nią TSUE. W lipcu tego roku podobnym trybem zainicjowano działania wobec ustawy o Sądzie Najwyższym. Komisja otrzymała już odpowiedź strony polskiej, jednak najprawdopodobniej przejdzie również do kolejnych etapów procedury.

Ustawy sądowe są również obiektem pytań prejudycjalnych do Trybunału Sprawiedliwości UE, które złożyli sędziowie polskiego SN. Dotyczyły one przeniesienia sędziów w stan spoczynku w wieku 65 lat. Obecnie unijny Trybunał pracuje nad stosowną odpowiedzią. Należy pamiętać, że pytania prejudycjalne sformułowane przez Sąd Najwyższy i inne równoległe procedury dotyczące uchybienia zobowiązaniom, nie znoszą ani nie wstrzymują procedury z artykułu siódmego – choć sprawy dotyczą podobnej materii to są rozpatrywane osobno. Najprawdopodobniej jednak ewentualny zabezpieczający bądź wzywający Polskę do wycofania się ze swoich przepisów wyrok TSUE w kwestii Sądu Najwyższego wpłynie na dalsze postępowanie Komisji Europejskiej, która zaniecha bądź przyspieszy bieg toczącej się procedury.

W kontekście oceny polskiej praworządności przez instytucje unijne, ważny był również wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE z 25 lipca 2018 roku, dotyczący wątpliwości zgłoszonych przez sąd w Irlandii. Tamtejszy sędzia nie chciał wydać polskiemu wymiarowi sprawiedliwości Polaka oskarżonego o handel narkotykami ze względu na wątpliwości co do niezawisłości polskich sędziów. W odpowiedzi na zapytanie, TSUE stwierdził, że owszem Europejski Nakaz Aresztowania może nie być stosowany, jeśli istnieje realne zagrożenie dla rzetelności procesu w kraju do którego podejrzany ma zostać wysłany, z drugiej zaś strony każdy taki przypadek musi być rozpatrywany indywidualnie i wymaga szczegółowej analizy.

Ministerstwo Sprawiedliwości orzeczenie uznało za sukces strony polskiej, opozycja zaś za kolejny dowód na to, że polska praworządność znalazła się na cenzurowanym.
Spór o sądownictwo to nie jedyna różnica zdań między Polską a Komisją Europejską. Tak było również w przypadku problemu wycinki Puszczy Białowieskiej. KE uznała ją za niedopuszczalną i skierowała sprawę do TSUE, który najpierw w lipcu 2017 roku zabezpieczająco zakazał wycinki – co zostało zignorowane przez polskie władze – a następnie wydał w kwietniu 2018 roku ostateczny wyrok wstrzymujący działania w Puszczy. Wówczas strona polska zastosowała się do werdyktu.

Innym ważnym konfliktem była reakcja na kryzys migracyjny. Słowacja i Węgry złożyły w tej sprawie wniosek do TSUE zaskarżający decyzję Rady o stosowaniu mechanizmu obowiązkowej relokacji uchodźców z września 2015 roku. We wrześniu ubiegłego roku TSUE odrzucił jednak tę skargę, popieraną również przez polski rząd. Pomimo tego, większość państw Unii nie przyjęło zakładanej kwoty migrantów, a sam proces pozostał niejako w zawieszeniu.

Podobny impas trwa w kwestii tzw. pracowników delegowanych. Komisja Europejska zaproponowała, aby pracownicy przebywający przez dłuższy czas poza granicami kraju swojego zatrudnienia, pracowali na identycznych warunkach co zatrudnieni w państwie w którym przebywają. Oznacza to duże podniesienie kosztów i spadek konkurencyjności polskiej branży transportowej pozostającej jedną z największych w Europie. Obecnie sprawa utknęła w Parlamencie Europejskim. Po przejściu tego etapu problem stanie jeszcze na forum Rady Unii Europejskiej, gdzie stanowisko zajmą przedstawiciele rządów państw członkowskich.

Z kolei pozaprawnym sporem, który z czasem może narastać jest kwestia negocjacji nowej unijnej perspektywy finansowej. Pierwszy projekt skonstruowany przez Komisję Europejską był bowiem zdecydowanie bardziej korzystny dla krajów południa niż dla państw Europy Środkowo-Wschodniej. Choć wszyscy zdają sobie sprawę, że nowa perspektywa musi być uboższa w środki dla naszego regionu – m.in. ze względu na podwyższanie się stopy życiowej w regionie czy wystąpienie Wielkiej Brytanii – to, jak uważają rządzący politycy, nie na tyle, aby wydatki były aż tak ograniczone. Ponadto, strona polska stanowczo sprzeciwia się ewentualnemu uzależnieniu dofinansowania od przestrzegania zasad praworządności bądź gotowości do przyjmowania migrantów. Niewątpliwie pierwotny projekt ulegnie jeszcze wielu zmianom, jednak już teraz wiadomo, że będą one obiektem szerokiej europejskiej dyskusji w której każda ze stron będzie chciała ugrać jak najwięcej dla siebie. Należy przy tym pamiętać, że ostateczna decyzja musi zapaść jednomyślnie – weto ze strony choćby jednego państwa oznacza konieczność dalszych negocjacji.

Można zatem przypuszczać, że nawet w przypadku potencjalnego wygaszenia konfliktu na linii praworządności, relacje na linii Warszawa-Bruksela wciąż będą napięte z innych powodów. Rozbieżność w poglądach dotyczących rozwiązania kryzysu migracyjnego, czy rozbieżności na temat wydawania unijnych środków z pewnością będą wymagały długich i trudnych negocjacji. Nie tylko z samymi instytucjami europejskimi, ale również rządami poszczególnych państw członkowskich.