W maju 2008 roku Sąd Okręgowy w Piotrkowie Trybunalskim skazał Popeckiego na karę dwóch lat i czterech miesięcy więzienia. Sąd zaliczył mu na poczet kary osiem miesięcy spędzonych w areszcie. W styczniu tego roku Sąd Apelacyjny w Łodzi utrzymał ten wyrok. Jednak w kilka miesięcy później - po wyroku Sądu Najwyższego - karę złagodzono do dwóch lat.

Popecki trafił do piotrkowskiego więzienia w marcu tego roku. Prokuratura oskarżyła go o nakłanianie głównego świadka w "seksaferze", Anety Krawczyk, do przerwania ciąży, a także o usiłowanie przerwania ciąży oraz narażenie życia i zdrowia kobiety przez podanie jej kilkakrotnie oksytocyny w celu wywołania skurczów porodowych.

Ponadto oskarżony został on również o usiłowanie utrudniania śledztwa, ale z tego ostatniego zarzutu ostatecznie uniewinnił go SN.

Na warunkowe przedterminowe zwolnienie z odbywania reszty kary przez Popeckiego zgodził się piotrkowski sąd. Po wyjściu z więzienia, przed bramą którego oczekiwała na niego żona, b. radny powiedział, iż nie czuje się winny. (Popecki od samego początku nie przyznawał się do winy).

Śledztwo w sprawie "seksafery" w Samoobronie wszczęto w grudniu 2006 roku po publikacji w "Gazecie Wyborczej". Tekst powstał na podstawie relacji Krawczyk, b. radnej Samoobrony w łódzkim sejmiku i b. dyrektor biura poselskiego Stanisława Łyżwińskiego. Kobieta utrzymuje, że pracę w partii dostała za usługi seksualne świadczone Łyżwińskiemu i liderowi Samoobrony Andrzejowi Lepperowi. Ich proces toczy się przed piotrkowskim sądem.