Podczas uroczystości w świątyni, która miała prywatny charakter, odprawiono krótkie nabożeństwo żałobne. Profesora pożegnała rodzina, przyjaciele oraz jego współpracownicy. Przed grobem złożono kwiaty i wieńce.

Odczytany został list kondolencyjny od byłego prezydenta Lecha Wałęsy, który wspominał Skubiszewskiego jako prawego człowieka i wielkiego patriotę. W liście podkreślono, że "Polska straciła oddanego i zasłużonego syna", który do ostatniej chwili służył demokracji.