Zawiadomienie złożono po tym, jak w wyniku zleconej przez resort fonansów kontroli zasadności zwrotu podatku VAT wykryto nieprawidłowości. Eksperci z ministerstwa stwierdzili wówczas, że gdański urząd skarbowy łamał przepisy na potrzeby kościoła.

Kościół ubiegał się o ponad siedem milionów złotych zwrotu z podatku. Skarbówka, nie wiadomo, na jakiej podstawie, dołożyła do tego prawie drugie tyle. Pieniądze w marcu 2007 otrzymało wydawnictwo Stella Maris. Większość poszła na pokrycie długów gdańskiego kościoła, reszta trafiła do kurii. Sprawie zwrotu podatku zaczęto się przyglądać po wybuchu afery Stella Maris, kiedy to wyszło na jaw, że wydawnictwo wypompowywało pieniądze z prywatnych spółek pod pozorem fikcyjnych usług konsultingowych. Łącznie ksiądz Zbigniew B., zaufany współpracownik arcybiskupa Gocłowskiego, który prowadził Stella Maris, wyłudził 65 milionów złotych.

Teraz, gdy sprawa zwrotu wyszła na jaw, nic się już nie da zrobić. Kościołowi pieniędzy nie można odebrać, bo według polskiego prawa podatkowego sprawa już się przedawniła. Teraz 14 milionami zwrotu zajmie się prokuratura - zbada okoliczności, w jakich pieniądze trafiły do kościoła i dlaczego wnioski prawników kurii o wypłatę pieniędzy zostały rozpatrzone pozytywnie, choć od początku budziły wątpliwości.