O umorzenie, wobec aktu łaski, wnosiła zarówno obrona, jak i prokuratura. O merytoryczne rozpatrzenie złożonych apelacji wniósł pełnomocnik jednego z oskarżycieli posiłkowych Andrzeja K. Adwokat rodziny zmarłego Andrzeja Leppera chciał z kolei przerwy w procedowaniu sądu - aby oskarżeni "pojednali się z pokrzywdzonymi".

Sędzia Grażyna Puchalska powiedziała w uzasadnieniu wyroku, że wobec aktu łaski postępowanie musi być umorzone niezależnie od instancji, w której sprawa się znajduje.

Dodała, że w tym przypadku przyjęto koncepcję niczym nieograniczonego prawa łaski. Nie mają tu zastosowania przepisy Kodeksu postępowania karnego, tylko konstytucji, a ta nie przewiduje żadnego szczególnego trybu ułaskawienia - podkreśliła. - Sąd nie ma prawa dociekać przyczyn tej decyzji, ani jej oceniać - podkreśliła sędzia.

W marcu 2015 r. Sąd Rejonowy Warszawa-Śródmieście skazał Mariusza Kamińskiego (dziś - ministra koordynatora służb specjalnych) i Macieja Wąsika (zastępcę Kamińskiego w CBA oraz obecnie jako ministra) na 3 lata więzienia i 10-letni zakaz zajmowania stanowisk, m.in. za przekroczenie uprawnień i nielegalne działania operacyjne CBA. Na kary po 2,5 roku skazano członków kierownictwa CBA - Grzegorza Postka i Krzysztofa Brendela. W SO nie stawił się w środę nikt z oskarżonych (nie mieli takiego obowiązku).

16 listopada 2015 r. prezydent na podstawie zapisu konstytucji ułaskawił skazanych, stosując formułę "przebaczenia i puszczenia w niepamięć przez umorzenie postępowania". Był to precedens - nigdy wcześniej prezydent RP nie wydał podobnej decyzji przed prawomocnym wyrokiem.

Część komentujących uznała, że ułaskawić można tylko osobę prawomocnie skazaną, a prezydent nie może zastępować sądów i umarzać postępowania karnego. Można ułaskawić osobę skazaną wyrokiem nieprawomocnym, bo konstytucja nie zawęża tego uprawnienia prezydenta tylko do orzeczeń prawomocnych - oceniał minister sprawiedliwości Zbigniew Ziobro.

Proces szefów CBA dotyczył słynnej operacji specjalnej CBA w tzw. aferze gruntowej z lata 2007 r. CBA zakończyło ją wręczeniem Piotrowi Rybie i Andrzejowi K. tzw. kontrolowanej łapówki za "odrolnienie" gruntu na Mazurach w kierowanym przez Andrzeja Leppera ministerstwie rolnictwa. Finał akcji miał utrudnić przeciek, wskutek czego z rządu odwołano szefa MSWiA Janusza Kaczmarka.