Karnowski pozwał b. redaktora naczelnego "Rz" Pawła Lisickiego oraz b. dziennikarza tej gazety Piotra Kubiaka za cykl kilkudziesięciu artykułów o tzw. aferze sopockiej. Prezydent Sopotu domagał się od nich przeprosin oraz zapłaty po 250 tys. zł zadośćuczynienia. Dziennik ujawnił tę sprawę w lipcu 2008 r.

Sąd Okręgowy w Gdańsku orzekł w środę, że powództwo Karnowskiego było zasadne i nakazał obu pozwanym zamieścić trzykrotnie na pierwszej stronie dziennika, w którym niegdyś pracowali oświadczenia, w których przeproszą powoda.

W oświadczeniach tych ma znaleźć się m.in. sformułowanie, że zamieszczająca je osoba "wyraża ubolewanie i przeprasza pana Jacka Karnowskiego prezydenta miasta Sopotu" za opublikowanie na łamach dziennika "jednoznacznych sformułowań wskazujących, jakoby Jacek Karnowski złożył korupcyjną propozycję, w której żądał dwóch mieszkań w zamian za pomoc w uzyskaniu zezwolenia na rozbudowę kamienicy w Sopocie, co naruszyło dobra osobiste pana Jacka Karnowskiego". Poza papierowym wydaniem gazety, oświadczenia mają też być publikowane przez miesiąc na stronie internetowej dziennika. Poza tym pozwani mają też wpłacić powodowi 5 tysięcy zł.

Prowadząca proces sędzia Urszula Malak uzasadniając wyrok uznała, że w części wskazanych przez powoda artykułów "Rz", gazeta "przedstawiała jednoznaczne stwierdzenia, iż powód złożył korupcyjną propozycję", choć takiego faktu nie potwierdzały "żadne orzeczenia sądowe".

Zdaniem sądu dziennikarz i redaktor złamali tym samym art. 13 Prawa prasowego, który mówi: "nie wolno wypowiadać w prasie opinii co do rozstrzygnięcia w postępowaniu sądowym przed wydaniem orzeczenia w I instancji".

Zasądzenie 5 tys. zł, a nie żądanej przez Karnowskiego kwoty pół miliona zł zadośćuczynienia sędzia umotywowała faktem, że naruszenie jego czci "tylko w niewielkiej części było skutkiem działań pozwanych". Zdaniem sadu niedogodności, jakich doznał prezydent miasta "były dotkliwe, ale nie sposób przypisać ich wszystkich pozwanym". Ani powoda ani żadnego z pozwanych nie było w sądzie na ogłoszeniu wyroku.

Reprezentujący b. pracowników "Rz" mecenas Michał Majkowski zapowiedział, że decyzje co do ewentualnego odwołania się od wyroku jego klienci podejmą po zapoznaniu się z pisemnym uzasadnieniem wyroku. "Na pewno jestem szczęśliwy, że co do znaczącej części żądań pana Jacka Karnowskiego powództwo zostało oddalone" - powiedział dziennikarzom adwokat przypominając, że Karnowski żądał kwoty 500 tys. zł.

Z kolei pełnomocnik Karnowskiego mec. Wojciech Grodzicki powiedział dziennikarzom, że "wyrok stanowi moralną satysfakcję" dla powoda, choć "niewątpliwie nie rekompensuje wszystkich doznanych przez niego krzywd dotyczących utraty dobrego imienia i naruszenia jego wizerunku". "Wyrok podkreśla również znaczenie rzetelnej pracy dziennikarskiej w demokratycznym państwie" - zauważył prawnik.

Sam Karnowski, który przebywa za granicą, przesłał mediom po południu specjalne oświadczenie, w którym napisał m.in., że cieszy się, iż Sąd podzielił zdanie dotyczące braku rzetelności dziennikarskiej, a wręcz złamania prawa przez byłych dziennikarzy "Rzeczpospolitej". Nadal uważam, że cała tzw. afera Julkego była wykreowana na zamówienie polityczne i będę dalej dochodził swoich praw wobec Sławomira Julke – zapowiedział też Karnowski, który już kilka lat temu zawiadomił prokuraturę o fałszywym - jego zdaniem - oskarżeniu, jakie wysunął pod jego adresem Julke, posługując się zmanipulowanymi - w opinii Karnowskiego - dowodami (śledztwo w tej sprawie trwa, prowadzi je poznańska prokuratura).

Według oświadczenia Karnowskiego o tym, iż było to polityczne zamówienie, świadczy fakt włączenia się w całą sprawę liderów PiS jak Kurski, Kamiński czy Ziobro oraz to, że redaktor Kubiak, który kreował tę sprawę, za co został potępiony przez Radę Etyki Mediów, dostał po "dobrej zmianie" nagrodę w postaci stanowiska rzecznika prasowego w państwowym koncernie Energa.

Karnowski wielokrotnie podkreślał w trakcie procesu, że publikacje "Rz" przyniosły jemu samemu i jego rodzinie duże szkody materialne, a także niematerialne. W sądzie przekonywał m.in., powołując się na wycenę autorstwa jednej z firm zajmujących się monitoringiem mediów, że aby odwrócić negatywne skutki, jakie przyniosły jego wizerunkowi publikacje "Rz", trzeba by wydać dwa miliony zł.

Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku zajmowała się śledztwem ws. Karnowskiego od lipca 2008 r. Śledczy oskarżyli go o osiem czynów, w tym siedem natury korupcyjnej. Według nich Karnowski miał m.in. przyjmować darmowe naprawy samochodów i prace budowlane od sopockich przedsiębiorców.

Najpoważniejszy zarzut związany był z zawiadomieniem złożonym przez przedsiębiorcę Sławomira Julkego, który twierdził, że Karnowski zażądał od niego łapówki w postaci dwóch mieszkań w zamian za przychylność urzędników ws. planowanej przez Julkego przebudowy strychu w sopockiej kamienicy.

Prokuratura trzykrotnie kierowała do Sądu Rejonowego w Sopocie akt oskarżenia w tej sprawie. Dwukrotnie sąd zwracał prokuraturze akta do uzupełnienia o dodatkowe opinie, a w jednym przypadku sąd zdecydował także o umorzeniu niektórych zarzutów. Część wątków umorzyła też sama prokuratura apelacyjna. Z kolei wątek dotyczący oskarżeń Julkego został umorzony przez prokuraturę w Szczecinie.

W trzecim - zakończonym w październiku 2015 r. procesie w tej sprawie - Sąd Rejonowy w Sopocie zajmował się trzema ostatnimi zarzutami, z których dwa miały naturę korupcyjną. Sąd uniewinnił Karnowskiego od obu zarzutów korupcyjnych. Uznał go za winnego poświadczenia nieprawdy w oświadczeniu związanym z przetargiem na auta dla Urzędu Miejskiego w Sopocie. Sąd uznał, że czyn ten cechował się znikomą szkodliwością społeczną i postępowanie w tej części warunkowo umorzył na roczny okres próbny. Wyrok nie jest prawomocny, prokuratura wniosła do sądu apelację.