Wniosek o wyłączenie sędzi złożył na ostatniej rozprawie procesu prokurator, tuż przed zamknięciem przewodu sądowego. Takie same wnioski w tej sprawie złożyli także oskarżycielka posiłkowa Krystyna Kornicka-Ziobro i pełnomocnik Witolda Ziobry mec. Piotr Sak.

Prokurator powoływał się głównie na śledztwo w sprawie okoliczności związanych ze zleceniem uzupełniającej opinii sądowo-lekarskiej w tym procesie, której koszty wyniosły 372 tys. zł, wszczęte z doniesienia Krystyny Kornickiej-Ziobro. Wskazywał także na śledztwo dotyczące sfałszowania kosztów opinii uzupełniającej i wyłudzenie 372 tys. zł, o co podejrzany jest szef zespołu opiniującego. Jego zdaniem były to okoliczności podważające rzetelności opinii. Oskarżyciele posiłkowi również kwestionowali obiektywność sądu i rzetelność opinii.

Prokurator wniósł także o przekazanie sprawy równorzędnemu sądowi spoza obszaru właściwości miejscowej Sądu Apelacyjnego w Krakowie z uwagi na dobro wymiaru sprawiedliwości. Wnioski rozpoznawał sąd w innym składzie, a do czasu ich rozpoznania tych wniosków sędzia Pilarczyk ogłosiła przerwę w rozprawie do piątku 10 lutego.

W piątek sędzia poinformowała o postanowieniu sądu w sprawie niewyłączenia jej ze sprawy poinformowała również, że sąd nie będzie występował do Sądu Najwyższego o przekazanie sprawy innemu sadowi z apelacji krakowskiej.

Ojciec Zbigniewa Ziobry był leczony od 22 czerwca 2006 r. w Szpitalu Uniwersyteckim UJ w Krakowie. Zmarł 2 lipca. Prokuratura dwukrotnie umorzyła śledztwo w tej sprawie. W 2013 r. przed krakowskim sądem rozpoczął się proces z subsydiarnego aktu oskarżenia przeciwko czworgu lekarzom ze szpitala. Akt taki złożyła Krystyna Kornicka-Ziobro, a przyłączyli się do niego synowie Witold i Zbigniew. Akt taki może wnieść pokrzywdzony w sprawach ściganych z oskarżenia publicznego w sytuacji, gdy dwukrotnie odmówi tego prokurator (po wykorzystaniu drogi zażalenia sądowego). Rodzina dołączyła inne opinie lekarskie, uzyskane przez nią w różnych ośrodkach medycznych.

W wyniku przystąpienia do sprawy w 2016 r. zamiejscowego wydziału Prokuratury Krajowej w Krakowie proces toczy się w trybie z oskarżenia publicznego, a oskarżyciele subsydiarni stali się oskarżycielami posiłkowymi.

Lekarzy oskarżono, że "pomimo ciążącego na nich szczególnego obowiązku opieki nad pacjentem (...) narażony on został na bezpośrednie niebezpieczeństwo utraty życia, skutkiem czego pacjent 2 lipca 2006 r. zmarł". Zarzuty dotyczą nieprawidłowej diagnozy i wyboru nieprawidłowego leczenia - m.in. przeprowadzenia zabiegu angioplastyki wieńcowej (założenie stentów) zamiast operacji kardiochirurgicznej (wszczepienia by-passów), brak konsultacji kardiochirurgicznej, nieprawidłowości w leczeniu farmakologicznym.

Wśród oskarżonych są: ówczesny kierownik II oddziału Kliniki Kardiologii i oddziału klinicznego szpitala prof. Jacek D., ówczesny lekarz tego oddziału i wiceszef pracowni hemodynamiki, a obecnie szef II oddziału Klinicznego Kardiologii oraz Interwencji Sercowo-Naczyniowych prof. UJ Dariusz D., lekarka dyżurna Katarzyna S. i ordynator sali monitorowanej Andrzej K. Oskarżeni nie przyznali się do winy i odmówili odpowiedzi na pytania oskarżycieli i ich pełnomocnika.

Jest to kolejny proces w tej sprawie. Subsydiarny akt oskarżenia wpłynął do sądu w lipcu 2011 r. W lutym 2012 r. krakowski sąd rejonowy umorzył postępowanie. Sąd odwoławczy utrzymał w mocy postanowienie o umorzeniu w stosunku do trojga lekarzy, sprawę czwartego skierował ponownie do sądu rejonowego. Z kasacją nadzwyczajną w tej sprawie na wniosek rodziny pacjenta wystąpił do Sądu Najwyższego Prokurator Generalny. W marcu 2013 r. SN uznał, że sąd odwoławczy nie odniósł się do wszystkich argumentów podnoszonych przez rodzinę. Nakazał m.in. uzupełnienie opinii biegłych lub powołanie nowych biegłych. W rezultacie sprawa trafiła ponowie do sądu rejonowego.