W 1998 Henryk Dzido przystąpił do Samoobrony RP; był pełnomocnikiem wyborczym Komitetu Wyborczego Andrzeja Leppera w wyborach prezydenckich w 2000 oraz pełnomocnikiem KW Samoobrony RP w wyborach parlamentarnych rok później.

Pracował w Komisji Spraw Zagranicznych i Komisji Spraw Unii Europejskiej, przewodniczył Kołu Senatorów Samoobrony RP oraz był wiceprzewodniczącym klubu parlamentarnego partii. Występował także jako obrońca Andrzeja Leppera w procesach sądowych.

W grudniu 2005 roku powołano go na stanowisko członka Trybunału Stanu, w którym zasiadał do 2007. W lutym 2006 odszedł z Samoobrony RP.

Współtworzył następnie Samoobronę Ruch Społeczny. W sierpniu 2006 objął w niej funkcję przewodniczącego. W 2007 został jednym z liderów Samoobrony Odrodzenie.