Przed dziesięcioma miesiącami abp Życiński tłumaczył, że „nigdy nie podjął żadnych działań, które można by określić mianem współpracy z SB”.

"TW Filozof to nie ja" - powtarzał. W styczniu 2007 r. metropolita opowiadał na naszych łamach o metodach docierania esbecji do środowisk kapłańskich. "Pod pretekstem imienin czy jubileuszu kapłaństwa pracownicy SB przychodzili z kwiatami do księży. Do dziś po nachodzonych w ten sposób duchownych pozostały dokumenty, że np. z funduszu operacyjnego wzięto takie a takie kwoty" - tłumaczył arcybiskup.

Także na łamach "Tygodnika Powszechnego” zapewniał, że nigdy nie współpracował z tajnymi służbami PRL. "Nie byłem agentem, a żaden esbek nie proponował mi takiej roli" - pisał Życiński.

Ks. Isakowicz, który wydał książkę o kontaktach SB z duchownymi, obstaje jednak przy swoim zdaniu. Na blogu w tekście "Abp Józef Życiński to jednak TW Filozof" pisze: "Dr Sławomir Cenckiewicz w najnowszej publikacji »Sprawa Lecha Wałęsy« na stronach 343 i 353 jako pierwszy historyk ujawniania, że w latach 1977 - 1990 ks. Józef Życiński przez Wydział IV SB w Częstochowie był zarejestrowany jako tajny współpracownik o ps. Filozof. Isakowicz powołuje się na numery akt i nazwiska oficerów prowadzących, które Cenckiewicz podał w książce. Przytacza też adres lokalu konspiracyjnego przeznaczonego na spotkania z "Filozofem".

Duchownego najbardziej boli jednak brak reakcji Kościoła, pisze o tym otwarcie na blogu: "Kościelna Komisja Historyczna milczy w tej sprawie, choć wie o tym od dwóch lat. Sam o tym informowałem w styczniu 2007 r. przewodniczącego Episkopatu Polski, ale dostałem tylko jednozdaniową odpowiedź. O sprawie od dwóch lat wie także ode mnie ks. kard. Stanisław Dziwisz, który z tego między innego powodu publicznie domaga się betonowania akt IPN na 50 lat".

Głos w sprawie zabrał rzecznik metropolity lubelskiego ks. Mieczysław Puzewicz. Przypomniał, że z chwilą pojawienia się pierwszych przypuszczeń na temat współpracy z SB abp Życiński zwrócił się z prośbą do IPN o zbadanie dokumentów na swój temat i publikację wyników tych badań w biuletynie instytutu. – Nie natrafiono na dokumenty, które mogłyby obciążać księdza arcybiskupa – powiedział Puzewicz dla portalu TVN24.pl Puzewicz.

Ks. Isakowicz uprzedza te wyjaśnienia i pisze na blogu: "Jak znam życie, to po ujawnieniu tej informacji winnymi nie będą ani pracownicy komunistycznej bezpieki, ani ich tajni współpracownicy, ale tylko i wyłącznie historyk, który miał odwagę o tym napisać. Nie ma więc wątpliwości, że w najbliższych dniach tzw. autorytety moralne przepuszczą na dr. Cenckiewicza bezpardonowy atak personalny".

Historyk Sławomir Cenckiewicz do połowy września kierował jednym z pionów gdańskiego IPN. Rezygnację ze stanowiska tłumaczy atakami na instytut po publikacji książki "SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii", którą napisał razem z Piotrem Gontarczykiem.