Jak podano na stronach internetowych IPN, zarzut postawiono 1 października. Chodzi o funkcjonariusza SB w Warszawie, który realizował działania wobec księdza Popiełuszki, "mające na celu jego eliminację jako duszpasterza środowisk związanych z opozycją demokratyczną w Polsce". Według IPN czyn funkcjonariusza stanowi zbrodnię komunistyczną w formie naruszania podstawowych praw człowieka, jakimi są: prawo do uczciwego procesu, a w szczególności prawo do obrony w postępowaniu karnym oraz prawo do wolności słowa i wyznania.

Prok. Bogusław Czerwiński z warszawskiego IPN powiedział PAP, że funkcjonariusz ten brał udział w śledztwie wobec kapelana podziemnej Solidarności o rzekome "nadużywanie wolności sumienia" oraz "posiadanie materiałów wybuchowych". Prokurator nie podał bliższych szczegółów, nawet inicjałów podejrzanego. Dodał, że zarzucono mu przekroczenie uprawnień i udział w "związku przestępczym" (grozi za to do 5 lat więzienia). Nie zastosowano wobec niego żadnych środków zapobiegawczych. PAP ustaliła, że chodzi m.in. o tzw. prowokację na Chłodnej, gdy SB w 1983 r. podrzuciła do mieszkania księdza przedmioty mające go skompromitować i oskarżyć, m.in. materiały wybuchowe i podziemne wydawnictwa.

Ksiądz Jerzy, oskarżany przez władze PRL o "antypaństwową propagandę", był w stanie wojennym obiektem działań operacyjnych SB o kryptonimie "Popiel"; wykorzystano w niej kilku tajnych współpracowników. W grudniu 1983 r. ksiądz stawił się na przesłuchaniu, a prokurator wszczął wobec niego śledztwo o to że "przy wykonywaniu obrzędów religijnych (...), w wygłaszanych kazaniach nadużywał wolności sumienia i wyznania w ten sposób, że permanentnie oprócz treści religijnych zawierał w nich zniesławiające władze państwowe treści polityczne, a w szczególności pomawiał, że te władze posługują się fałszem, obłudą i kłamstwem, poprzez antydemokratyczne ustawodawstwo niszczą godność człowieka, a także pozbawiają społeczeństwo swobody myśli oraz działania, czym nadużywając funkcji kapłana, czynił z kościołów miejsce szkodliwej dla interesów PRL propagandy antypaństwowej".

Po zakończeniu przesłuchania, w mieszkaniu księdza odbyła się rewizja, podczas której "ujawniono" m.in. granaty łzawiące, naboje, różne materiały wybuchowe, farby drukarskie - podrzucone wcześniej przez esbeków. Ostatecznie śledztwo wobec księdza umorzono.

Morderca księdza Grzegorz Piotrowski zeznawał w latach 90., że to gen. Zenon Płatek i jego zastępca Adam Pietruszka zlecili mu tworzenie fałszywych dowodów przeciw ks. Popiełuszce. Początkowo Piotrowski sporządził w 1983 r. dokument, w którym pisał o podrzuceniu do mieszkania księdza kompromitujących go przedmiotów, potem jednak zmodyfikował go, pisząc jedynie o informacjach, że u księdza mogą być takie przedmioty. Na tym dokumencie Kiszczak dopisał: "Dusza mi się śmieje, ale pielgrzymka papieża...".

19 października 1984 r. ks. Popiełuszko, duszpasterz ludzi pracy i legendarny kapelan Solidarności, został zamordowany przez funkcjonariuszy IV Departamentu MSW. Wszyscy, którzy brali udział w zabójstwie, od dawna są już na wolności; ich przełożonych uniewinniono. B. szef SB gen. Władysław Ciastoń został uniewinniony przez sąd w 2002 r. - i z zarzutu kierowania zabójstwem ks. Popiełuszki, i pomocy przy "prowokacji na Chłodnej".