Mimo podejmowanych na wielką skalę poszukiwań nie udało się zlokalizować okrętu - powiedział rzecznik marynarki Enrique Balbi. Dodał, że akcja ratownicza trwała dwukrotnie dłużej niż wynosił okres czasu, w którym na pokładzie okrętu mogły przetrwać żywe osoby.
Maksymalna wydolność zainstalowanego na ARA San Juan systemu regeneracji powietrza do oddychania wynosi jeden tydzień.
Ostatni kontakt z jednostką zdołano nawiązać 15 listopada. Załoga informowała wówczas, że nastąpiła awaria akumulatorów służących do napędu silników elektrycznych, ale zdołano ją opanować. Do wnętrza okrętu wtargnęła woda powodując krótkie spięcie w baterii akumulatorów.
Wydano wówczas rozkaz powrotu do macierzystej bazy Mar del Plata. Okręt znajdował się wtedy w odległości ok. 432 km od wybrzeży Patagonii.
Po utracie kontaktu Organizacja Traktatu o Całkowitym Zakazie Prób z Bronią Jądrową (CTBTO) wykryła za pośrednictwem własnej sieci czujników zjawisko akustyczne, które według marynarki wojennej mogło być odgłosem implozji (zgniecenia) kadłuba okrętu.