Abp Paetz został oskarżony o molestowanie kleryków i młodych duchownych w 2002 roku. Choć zaprzeczył zarzutom, zrezygnował ze sprawowania funkcji metropolity poznańskiego. Od papieża otrzymał także zakaz udzielania święceń kapłańskich i bierzmowania. Od 2013 roku zakaz został rozszerzony o uczestnictwo w kościelnych uroczystościach.
Mimo kary, często był obecny w czasie mszy z okazji ważnych rocznic historycznych. Zdjęcia z nich publikowała prasa. Gdy w 2016 roku duchowny zapowiedział swój udział w uroczystościach z okazji 1050 rocznicy chrztu Polski, Watykan przypomniał swoje stanowisko w tej sprawie. "Ojciec Święty zdecydowanie ponawia zaproszenie do życia w odosobnieniu, w postawie skruchy i modlitwy" - przypomniał nuncjusz apostolski w Polsce, abp Celestino Migliore.
W czwartek, jak pisze "Gazeta Wyborcza" Paetz znów koncelebrował uroczystości pogrzebowe ku czci zmarłego ks. prałata Mariana Lewandowskiego. Kuria nie odpowiedziała na pytania w tej sprawie, jakie otrzymała od dziennikarzy, ale z jej strony, którą zarządza biuro episkopatu zniknęły zdjęcia z uroczystości pogrzebowych. Fotografie na swoim profilu twitterowym zamieścił jednak przewodniczący Episkopatu, abp. Stanisław Gądecki.
