W 1976 roku admirał Massera wraz z generałami Jorge Vidalem i Orlando Ramonem Agostim odsunął od władzy prezydent Marię Estelę Peron i rozpoczął krwawą dyktaturę. Do jej zakończenia w 1983 roku wojskowi i tajna policja zamordowały, według szacunków obrońców praw człowieka, około 30 tysięcy ludzi. Wielu przeciwników reżimu zostało uprowadzonych i przepadło bez śladu, wielu torturowano.
Największym "ośrodkiem" kaźni była szkoła marynarki wojennej Esma w Buenos Aires. Teraz jest to miejsce pamięci.
Massera próbował jeszcze rozpocząć karierę polityczną. Chciał ubiegać się o urząd prezydenta w pierwszych po zakończeniu dyktatury demokratycznych wyborach w 1983 roku. Tuż przed rozpoczęciem kampanii wyborczej został aresztowany i postawiony przed sądem za swe zbrodnie. W 1985 roku został skazany na dożywocie, ale pięć lat później ułaskawiono go.
W 1998 roku Massera został ponownie aresztowany. Oskarżono go wówczas o odbieranie ofiarom dyktatury praw do ich dzieci. Przestępstwo to nie było objęte wcześniejszą amnestią. Po udarze mózgu został jednak uznany za niezdolnego do odpowiadania przed sądem.
