Papież spocznie w Kaplicy Świętego Sebastiana, niedaleko Piety Michała Anioła. Kaplica ta znajduje się na prawo od wejścia do bazyliki watykańskiej, obok Kaplicy Najświętszego Sakramentu.
W tych dniach rozpoczęły się prace, aby przygotować to miejsce do przeniesienia szczątków papieża z Grot Watykańskich, gdzie złożono je 8 kwietnia 2005 roku. Obecne prace przewidują odnowienie mozaiki, przedstawiającej świętego Sebastiana i przeniesienie w inne miejsce pochowanego tam papieża błogosławionego Innocentego XI.
W kaplicy, gdzie spocznie Jan Paweł II po ogłoszeniu go błogosławionym, znajdują się statuy Piusa XI i Piusa XII.
Zauważa się, że jednym z głównych czynników, jaki zadecydował o wyborze tego miejsca, jest jego lokalizacja niedaleko wejścia do bazyliki świętego Piotra, co ułatwi dostęp wiernym, którzy od ponad 5 lat każdego dnia ustawiają się w ogromnej kolejce, by oddać hołd papieżowi Polakowi przy jego grobie.
Po raz pierwszy o zamiarze pochowania Jana Pawła II w bazylice watykańskiej poinformował jej archiprezbiter kardynał Angelo Comastri przed trzema laty. Jest to przewidziana przez prawo kanoniczne praktyka w przypadku osób beatyfikowanych jako wyraz czci dla nich.
