Kamień ze szklaną kapsułą zawierającą ziemię z grobu Jana Pawła II został umieszczony w ścianie kościoła, który będzie mu dedykowany i w którym w przyszłości mają się znaleźć jego relikwie. Na razie trwa budowa dolnej części świątyni. W 2006 r. podczas pielgrzymki do Polski kamień węgielny poświęcił Benedykt XVI.
Kard. Stanisław Dziwisz mówił, że Centrum Jana Pawła II to "widzialny znak naszej miłości do Ojca Świętego Jana Pawła II". Przypomniał, że Centrum powstaje w szczególnym miejscu - w sąsiedztwie Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach i na terenie, gdzie Karol Wojtyła pracował podczas okupacji.
"Nie chcemy budować kościoła ani centrum tylko dla ludzi. Ani nie mamy zamiaru mówić, że tu chodzi tylko o Boga. To miejsce i to dzieło winno być sprawą bosko-ludzką" - powiedział kard. Dziwisz. "Oby to dzieło było wyciągnięciem dłoni w kierunku religijnych i humanistycznych potrzeb współczesnego człowieka, zwłaszcza młodzieży" - dodał.
Prezydent Krakowa Jacek Majchrowski mówił, że Kraków to jedyne miasto, które było świadkiem niemal całej życiowej drogi Karola Wojtyły - od studiów, aktorstwa, poprzez narodziny jego powołania kapłańskiego i posługę biskupia aż po jego pielgrzymki papieskie. Dodał, że ta inwestycja to podziękowanie Janowi Pawłowi II za wszystko, co dla nas zrobił. "To także symbol połączenia Jana Pawła II z Krakowem. Jana Pawła, który kochał Kraków i Krakowa, który kochał Jana Pawła" - powiedział Majchrowski.
W uroczystości uczestniczyły m.in. władze Małopolski, członkowie ruchów, stowarzyszeń i organizacji katolickich Archidiecezji Krakowskiej, prezydenci polskich miast, które odwiedził Jan Paweł II, uczniowie ze szkół noszących jego imię oraz architekci, budowniczy i sponsorzy Centrum JP II.
Pierwsze prace budowlane przy Centrum Jana Pawła II ruszyły jesienią 2008 r. Wzniesiono już Centrum Wolontariatu oraz Instytut Jana Pawła II; budynki te mają być gotowe jeszcze w tym roku. Między nimi stanie ośmioboczna świątynia dedykowana Janowi Pawłowi II. Obecnie trwają prace nad sklepieniem dolnego poziomu kościoła.
W kościele dolnym znajdą się: kaplica kapłańska - nawiązująca wyglądem do krypty św. Leonarda w Katedrze Wawelskiej i położona centralnie kaplica z relikwiami Jana Pawła II, otoczona przez siedem mniejszych kaplic - oratoriów. Kaplica relikwii będzie mieć nietypowy układ, bowiem ołtarz znajdzie się pośrodku tego pomieszczenia, tak by relikwie Jana Pawła II będą widoczne dla wszystkich wiernych. W miejscu, do którego można będzie podejść, zostanie umieszczony pierścień Jana Pawła II i jego piuska. Dolna część świątyni ma być gotowa w kwietniu przyszłego roku, a kościół górny - w październiku 2011 r.
Budowa Centrum JP II jest finansowana wyłącznie z ofiar wiernych. Metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz na budowę centrum przeznaczył swe honoraria za książkę i film "Świadectwo". Koszty całej inwestycji, która obejmuje także budowę multimedialnego muzeum JP II, centrum konferencyjnego, domu rekolekcyjnego z kaplicą, domu pielgrzyma, hotelu i parku medytacyjno-rekreacyjnego, są szacowane na 200 mln zł.
