Według przyjętego projektu, sprawy związane z roszczeniami byłyby rozpatrywane na zwykłych zasadach, na drodze sądowej.
Podmioty kościelne, państwowe, samorządowe czy prywatne, będące uczestnikami postępowań prowadzonych dotychczas na podstawie przepisów o Komisji Majątkowej w sprawach, w których nie zapadło jeszcze orzeczenie komisji, miałyby sześć miesięcy na wystąpienie o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego, a jeżeli nie było ono wszczęte - na wystąpienie do sądu o zasądzenie roszczenia.
Projekt zakłada też, że do 31 stycznia 2011 r. Komisja przedstawi szefowi MSWiA (ministrowi właściwemu do spraw wyznań religijnych oraz mniejszości narodowych i etnicznych - PAP) oraz Sekretariatowi Konferencji Episkopatu Polski, Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu Rzeczypospolitej Polskiej i Konferencji Episkopatu Polski sprawozdanie ze swojej działalności.
