O śmierci Andrzeja Ajnenkiela poinformowała Uczelnia Łazarskiego, z którą był związany w ostatnich latach. Wykładał tam m.in. historię prawa polskiego, historię administracji oraz historię doktryn ustrojowych i prawnych.
Specjalizował się w zagadnieniach konstytucjonalizmu i parlamentaryzmu. Jest autorem kilkuset prac i kilkunastu książek. Był ekspertem prezydenta i Senatu w pracach nad Konstytucją (1990-1993), następnie kierował Wojskowym Instytutem Historycznym (1993-2001). Zsiadał w radach redakcyjnych m.in: Polskiego słownika biograficznego, Przeglądu Historyczno-Wojskowego i Przeglądu Wschodniego.
W 1999 roku został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
