Według naukowców Instytutu Pamięci Narodowej, badających inwigilację Kościoła krakowskiego przez komunistyczną służbę bezpieczeństwa, ksiądz Maliński, jako "Delta", przekazywał SB informacje na temat kardynałów Stefana Wyszyńskiego i Karola Wojtyły. Donosił też na innych znanych duchownych i działaczy katolickich. I nie tylko polskich, ale i zagranicznych.
Według raportu, po 1989 roku zawartość teczki tajnego współpracownika "Delta" została zniszczona. Jednak kilka dokumentów się zachowało. Według naukowców, wynika z nich jednoznacznie, że Maliński przez lata współpracował z bezpieką.
Sam ksiądz Maliński wielokrotnie zaprzeczał, jakoby miał współpracować z komunistycznymi służbami. Mówił, że jedynie rozmawiał z esbekami.
Raport "Kościół katolicki w czasach komunistycznej dyktatury" ma pojutrze opublikować wydawnictwo jezuitów WAM.
