1 września MSZ rozwiązało umowę z Waszczykowskim, który chciał wrócić do resortu po bezpłatnym urlopie wziętym na czas pracy w Biurze Bezpieczeństwa Narodowego. MSZ motywowało tę decyzję "brakiem możliwości wyznaczenia - po długotrwałym urlopie bezpłatnym - stanowiska odpowiadającego kwalifikacjom Waszczykowskiego i jego przygotowaniu zawodowemu w związku z utratą poświadczenia bezpieczeństwa uprawniającego do dostępu do informacji niejawnych stanowiących tajemnicę państwową".
W ocenie Waszczykowskiego, nie było żadnych przesłanek merytorycznych, by zwolnić go z MSZ. "Poglądy odbiegające od rządu czy od ministra Radosława Sikorskiego nie mogą dyskwalifikować w pracy w MSZ" - podkreślił były wiceszef resortu. Dodał, że jest wiele stanowisk analitycznych w MSZ, więc - jak mówił - nie widzi żadnych podstaw, by "akurat dla niego nie było miejsca" w resorcie. MSZ nie komentuje sprawy.
Waszczykowski związany był z MSZ od początku lat 90. W latach 2005-2008 był wiceministrem w resorcie spraw zagranicznych. Jednocześnie pełnił funkcję głównego negocjatora w sprawie tarczy antyrakietowej. Latem 2008 r. Waszczykowski został odwołany z pełnionych funkcji, ponieważ premier Donald Tusk zarzucił mu złą wolę i nielojalność w związku z wywiadem udzielonym dla "Newsweeka". Waszczykowski powiedział w nim, że na początku lipca 2008 r. wynegocjował z USA "umowę w sprawie tarczy, która gwarantuje bezpieczeństwo Polsce" oraz deklarację współpracy polityczno-wojskowej między Polską a Stanami Zjednoczonymi.
"Sądzę, że informacja o zakończeniu negocjacji nie przyniosłaby politycznych korzyści rządowi Donalda Tuska. Stałoby się to za szybko po interwencjach prezydenta w sprawie tarczy i po czerwcowej wizycie prezydenckiej minister Anny Fotygi w USA. Powstałoby wrażenie, że to prezydent jest twórcą tego sukcesu, a nie rząd" - mówił w wywiadzie Waszczykowski.
ABW wszczęła wówczas postępowanie sprawdzające czy ówczesny wiceminister spraw zagranicznych - udzielając tego wywiadu - nie ujawnił tajemnicy państwowej. Dostęp Waszczykowskiego do tajemnic państwowych został wstrzymany. W sierpniu 2008 Waszczykowski został powołany na stanowisko zastępcy szefa BBN. W związku z przyjęciem propozycji od prezydenta Lecha Kaczyńskiego dostał bezpłatny urlop w MSZ. W lipcu 2010 roku po zwycięstwie Bronisława Komorowskiego w wyborach prezydenckich podał się do dymisji z funkcji wiceszefa BBN.
Waszczykowski pełnił także funkcje p.o. szefa Biura Łącznikowego RP przy NATO (1997) oraz zastępcy Przedstawiciela RP przy NATO (1997-1999). W latach 1999-2002 był ambasadorem RP w Iranie. W 2003 roku pracował w Departamencie Strategii i Planowania Polityki Zagranicznej MSZ, w 2005 roku był zastępcą dyrektora w Departamencie Afryki i Bliskiego Wschodu.
Jest absolwentem Wydziału Filozoficzno-Historycznego Uniwersytetu Łódzkiego oraz Wydziału Stosunków Międzynarodowych University of Oregon. Odbył także studia podyplomowe na temat bezpieczeństwa międzynarodowego i kontroli zbrojeń w Graduate Institute of International Studies w Genewie.
