Tym samym Szeremietiew - po 9 latach od rozpoczęcia śledztwa w całej sprawie - został uwolniony od winy we wszystkich zarzutach, jakie postawiono mu najpierw w mediach, a potem w prokuraturze. W lipcu 2001 r. "Rzeczpospolita" napisała, że asystent Szeremietiewa Zbigniew Farmus żądał od firm zbrojeniowych łapówek w imieniu szefa, który miał także bezprawnie dopuścić go do tajnych materiałów. Pisano też, że Szeremietiew wydawał więcej niż zarabiał; kupił m.in. okazały dom pod Warszawą.
Szeremietiew - wówczas wiceminister obrony w rządzie Jerzego Buzka - zaprzeczył zarzutom. Po publikacji został zawieszony, a potem odwołany z MON na wniosek ówczesnego szefa resortu Bronisława Komorowskiego. W marcu tego roku Szeremietiew zarzucił Komorowskiemu, że zlecił on wtedy WSI jego inwigilację. Komorowski replikował, że to normalna rzecz, iż kontrwywiad "osłania" wielkie, wielomiliardowe przetargi, poddając szczególnej kontroli ludzi, którzy je organizują.
Szeremietiew został uniewinniony z prawie wszystkich postawionych mu zarzutów, oprócz spraw przetargu na centralę telefoniczną dla MON oraz zakupu samochodów osobowych (te dwa zarzuty się przedawniły). W 2009 r. sąd skazał go na karę grzywny za bezprawne dopuszczenie Farmusa do tajemnic państwowych, a konkretnie - o to, że Farmus zapoznał się w kancelarii tajnej MON z 4 pismami z MSZ i WSI, opatrzonymi klauzulą niejawności.
Do ostatniej chwili ważyła się sprawa przesłuchania Bronisława Komorowskiego przed sądem. Prowadzący proces sędzia Piotr Ermich kilka miesięcy temu wystąpił do Kancelarii Prezydenta z pismem, w którym zwracał się o wskazanie możliwości i terminu przesłuchania głowy państwa w tej sprawie. Niedawno do sądu nadeszła odpowiedź, podpisana przez sekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta Krzysztofa Łaszkiewicza. Napisał on, że przesłuchanie prezydenta nie będzie możliwe wobec tego, że jest on "najwyższym reprezentantem władzy wykonawczej" mającym nadzór zwierzchni nad państwem i wobec zasady trójpodziału władzy.
W tym stanie rzeczy sąd zamknął proces i udzielił głosu stronom. Prokuratura wnosiła o uznanie Szeremietiewa za winnego i karę grzywny. Obrona wskazywała, że to nie Szeremietiew, lecz sam minister - czyli Bronisław Komorowski, a wcześniej Janusz Onyszkiewicz, odpowiadali za ochronę tajemnic w MON, bo tak stanowi ustawa o ochronie informacji niejawnych. Adwokat Szeremietiewa Bonifacy Bąk podkreślał ponadto, że aby skazać jego klienta za przekroczenie uprawnień lub niedopełnienie obowiązków, trzeba wykazać, że działał umyślnie wiedząc, iż Farmus nie ma aktualnego certyfikatu dostępu do tajemnic - a tak nie było.
Po godzinnej naradzie sąd uniewinnił Szeremietiewa. "Jako wiceminister obrony nie odpowiadał za ochronę tajemnic. Miał prawo przypuszczać, że pracownicy kancelarii tajnej nie udostępnią niejawnych dokumentów osobie nieuprawnionej" - powiedział sędzia Piotr Ermich w uzasadnieniu wyroku. Podkreślił też, że nie ma dowodów, by Szeremietiew kiedykolwiek polecił wydać Farmusowi jakiekolwiek tajne dokumenty.
Zarazem sąd przyznał, że w tamtym okresie w MON "były pewne nieprawidłowości" w tworzeniu pionu ochrony informacji niejawnych i w tym, że Farmus - mimo braku certyfikatu - otrzymał dostęp do dokumentów. "Farmus był w MON asystentem wiceministra Szeremietiewa, ale nie oznacza to, że Szeremietiew ma za to ponieść odpowiedzialność karną. Poniósł odpowiedzialność polityczną" - dodał sąd.
"Od początku wiedziałem jakie są fakty, że zarzut jest niesłuszny" - mówił PAP Szeremietiew po wyroku. Dodał, że "dziwi się, iż Komorowski jeszcze jest prezydentem". "Dziwię się, bo sam mówił, że odejdzie z życia politycznego, jeśli okażę się niewinny, bo to dla niego sprawa honorowa" - wyjaśnił.
64-letni obecnie Szeremietiew w PRL działał w opozycji; w 1979 r. zakładał Konfederację Polski Niepodległej. W procesie kierownictwa KPN został skazany w 1982 r. na 5 lat więzienia. W rządzie Jana Olszewskiego był w 1992 r. wiceszefem MON; od maja do czerwca kierował resortem po urlopowaniu Jana Parysa. Współzałożyciel Ruchu dla Rzeczypospolitej. W latach 1997-2001 poseł AWS. Dziś kandyduje na prezydenta Warszawy. Jest wykładowcą na KUL.