KE tłumaczy, że ma zastrzeżenia co do zakresu ochrony wszystkich gatunków ptaków występujących w Europie, jaki przewiduje polskie prawodawstwo. Podaje, że w Polsce zakres zwolnień z systemu ścisłej ochrony ptaków jest szerszy niż dopuszcza to dyrektywa. Ponadto polskie przepisy dotyczące ochrony dzikiego ptactwa przewidują szereg dodatkowych wyjątków, które - zdaniem KE - wyraźnie wykraczają poza ducha dyrektywy ptasiej.
Jednocześnie KE podkreśla, że "zasadniczo większość dyrektywy została prawidłowo przeniesiona do polskiego ustawodawstwa".
KE wskazała konkretne niedociągnięcia już na wcześniejszych etapach postępowania o naruszenie przepisów UE, które poprzedzają skierowanie sprawy do Trybunału w Luksemburgu. W komunikacie KE podała, że w marcu ub.r. Polska zgodziła się na zmianę swojego prawa, lecz zmiany nie zostały dotąd przyjęte. Dlatego KE podjęła decyzję o pozwaniu Polski przed Trybunał UE.
Dyrektywa ptasia jest jednym z podstawowych aktów prawnych UE w dziedzinie ochrony środowiska. Zapewnia ona ochronę różnorodności biologicznej poprzez ochronę gatunków ptaków i ich siedlisk. Państwa członkowskie są zobowiązane do wyznaczenia obszarów specjalnej ochrony dla 194 gatunków ptaków zagrożonych oraz dla wszystkich gatunków ptaków wędrownych.
Drugim zasadniczym aktem prawnym jest unijna dyrektywa siedliskowa z 1992 r., zobowiązująca do ochrony siedlisk cennej fauny i flory. Także w tym przypadku KE zarzuciła Polsce zbytnie odstępstwa od rygorystycznych unijnych przepisów i w listopadzie ub. skierowała sprawę do Trybunału Sprawiedliwości UE.
Obie dyrektywy są podstawą unijnej sieci cennych przyrodniczo obszarów "Natura 2000", które kraje członkowskie mają obowiązek wytyczyć i objąć ochroną. Polska już wcześniej była kilkakrotnie na cenzurowanym za łamanie przepisów dotyczących Natura 2000. Chodziło m.in. o zbyt mało obszarów wyznaczonych na podstawie dyrektywy ptasiej; błędy w ustawodawstwie regulującym ocenę wpływu inwestycji infrastrukturalnych na środowisko naturalne i głośny spór o budowę obwodnicy Augustowa w Dolinie Rospudy, również uznaną za obszar chroniony Natura 2000, który trafił do Trybunału UE.
