Magnitski zmarł 16 listopada 2009 r. w więzieniu Matrosskaja Tiszyna w Moskwie. Wcześniej przez prawie rok przebywał w moskiewskim więzieniu Butyrki. Jego obrońcom powiedziano, że przyczyną zgonu była przepuklina przewodu pokarmowego. Tymczasem zarówno oni, jak i sam Magnitski kilkakrotnie składali wcześniej skargi, że odmawia się leczenia go na zapalenie trzustki, którego się nabawił po zatrzymaniu w 2008 r. Przed aresztowaniem prawnik nie narzekał na zdrowie.
Zatrzymano go pod zarzutem oszustw podatkowych w ramach śledztwa przeciwko Hermitage Capital Management, kiedyś największemu funduszowi inwestycyjnemu w Rosji, dla którego Magnitski pracował.
Zdaniem kolegów sprawę przeciwko Magnitskiemu sfabrykowali m.in. ci, których prawnik oskarżył o zagarnięcie z budżetu państwa sum o równowartości 230 mln dolarów.
Jak pisze agencja Associated Press, sprawa Magnitskiego jest testem dla zaangażowania prezydenta Dmitrija Miedwiediewa w rządy prawa.
Pod koniec lipca USA wprowadziły sankcje wizowe wobec 60 rosyjskich urzędników wiązanych ze śmiercią Magnitskiego w ramach - jak tłumaczył Waszyngton - "szerszego programu" opracowanego w USA w celu karania winnych naruszania praw człowieka za granicą.
Rosyjskie MSZ oświadczyło, że nie pozostawi bez odpowiedzi posunięć amerykańskiego Departamentu Stanu.
Wcześniej w lipcu rzecznik Komitetu Śledczego Federacji Rosyjskiej Władimir Markin poinformował, że w ramach badania sprawy śmierci Mgnitskiego wszczęto śledztwo przeciwko lekarce aresztu na Butyrkach Łarisie Litwinowej i byłemu zastępcy naczelnika aresztu, odpowiedzialnemu za część medyczną, Dmitrijowi Kratowowi. Nie wykluczył, że krąg podejrzanych w sprawie w śmierci adwokata może się poszerzyć.
