Powodem zaostrzenia stosunków są oskarżenia Egiptu pod adresem Turcji.

Egipskie władze twierdzą, że Turcy popierają organizacje, których celem jest destabilizowanie sytuacji w Egipcie. W oświadczeniu rzecznika egipskiego MSZ nie pada żadna nazwa, ale widać wyraźnie odniesienia do zakazanego w Egipcie Bractwa Muzułmańskiego, z którego wywodzi się obalony prezydent Muhammad Mursi. 

Turcja była jednym z najostrzejszych krytyków przejęcia przez wojskowych władzy w Egipcie na początku lipca tego roku. Bractwo Muzułmańskie utrzymuje bliskie stosunki z rządzącą Turcją Partią Sprawiedliwości i Rozwoju premiera Redżepa Erdogana.