Miszustin urodził się 3 marca 1966 roku w Moskwie. W 1989 roku ukończył Moskiewski Państwowy Uniwersytet Technologiczny jako inżynier w dziedzinie projektowania systemów. Posiada tytuł doktora ekonomii, w 2003 roku obronił pracę na temat mechanizmów administracji podatkowej w Rosji.
W latach 1992-1996 Miszustin pracował w utworzonym w czasie pieriestrojki przez grupę naukowców Międzynarodowym Klubie Komputerowym, organizacji wspierającej rozwój rynku komputerowego w Rosji. Klub organizował wystawy komputerowe i stawiał sobie za cel przyciągnięcie do Rosji zachodnich technologii informatycznych. Faktycznie przyczynił się do wejścia na rynek rosyjski czołowych korporacji, m.in. Intel, IBM, Apple i Hewlett-Packard. Pośredniczył także w kontaktach zachodnich biznesmenów z rosyjskimi urzędnikami.
W administracji państwowej Miszustin zaczął pracować w 1998 roku, najpierw w służbach podatkowych, gdzie awansował do stopnia zastępcy szefa resortu. Na tym stanowisku odpowiadał za informatyczny system rejestracji i kontroli wpływu podatków i ogółem za modernizację techniczną służb. Gdy w 1999 roku resort podatków przekształcono w ministerstwo, zajął stanowisko wiceministra (do 2004 roku). Dzięki jego staraniom resort stał się jedną z najnowocześniejszych technologicznie struktur administracji państwowej w Rosji.
Od marca 2004 roku Miszustin kierował służbami katastralnymi, gdzie tworzył jednolity system rejestracji obiektów nieruchomości w Rosji. W 2006 roku stanął na czele krajowej agencji administracji specjalnych stref ekonomicznych. Rozwój specjalnych stref ekonomicznych był jednym z najambitniejszych projektów ówczesnego ministerstwa gospodarki Rosji, którym kierował wtedy German Grief.
Lata 2008-2010 to krótki okres działalności w biznesie - Miszustin kierował wówczas firmą inwestycyjną UFG. Rozwijała się też jego kariera naukowa: w 2010 roku obronił rozprawę habilitacyjną z zakresu podatków majątkowych. Choć wysokim urzędnikom państwowym w Rosji często przypisuje się plagiaty, do prac naukowych Miszustina nie zgłaszano zastrzeżeń.
Po powrocie do struktur państwowych Miszustin w 2010 roku stanął na czele Federalnej Służby Podatkowej (FNS), zapowiadając rozwój usług elektronicznych. W FNS przeprowadzona została błyskawiczna cyfryzacja; ocenia się, że jest ona w czołówce struktur państwowych pod względem integracji baz danych z innymi resortami. Media wskazywały, że za rządów Miszustina ukrócono masowe wyprowadzanie pieniędzy z budżetu pod pretekstem zwrotu VAT. Ściągalność VAT wzrosła, a zmniejszyła się skala zwrotu tego podatku. Odnotowując sukcesy Miszustina na tym polu media niezależne oceniają, że sam proces wprowadzania w FNS nowych technologii nie zawsze był przejrzysty.
W wywiadzie dla dziennika "Wiedomosti" pod koniec 2018 roku Miszustin podkreślał, że w ciągu pięciu lat dochody z podatków wzrosły w Rosji o niemal 70 proc. (prawie 40 proc. bez uwzględnienia inflacji).
Miszustin opisywany jest jako skuteczny menadżer i jeden z niewielu urzędników doskonale orientujący się w działaniu technologii informatycznych. Przedstawiciele biznesu wskazują, że szef FNS nie wchodząc w konflikty naciska na wywiązywanie się biznesu ze zobowiązań podatkowych. Miszustin nie jest związany z żadnym z klanów politycznych, co mogło wpłynąć na wybór jego kandydatury.
Komentatorzy wskazują, że Miszustin nie przejawiał dotąd ambicji, by stanąć na czele rządu. Porównują jego nominację do mianowania w 2004 roku na premiera Michaiła Fradkowa, który także był urzędnikiem, a nie politykiem. Dziennik "Wiedomosti" prognozuje, że dzięki nominacji Miszustina w czasie wprowadzania w Rosji zapowiedzianych zmian w konstytucji rząd będzie wolny od rywalizacji pomiędzy różnymi grupami.
Miszustin pasjonuje się hokejem i zasiada w radzie nadzorczej moskiewskiego klubu hokejowego CSKA. Gra w amatorskiej Nocnej Lidze Hokejowej, w której meczach występuje prezydent Władimir Putin. Niezależny portal Meduza wiąże Miszustina z innym wpływowym graczem ligi, biznesmenem Giennadijem Timczenką, uchodzącym za przyjaciela Putina z czasów, gdy ten pełnił służbę w wywiadzie KGB.
Nowy premier Rosji jest żonaty - jego małżonką jest Władlena Miszustina - i ma trzech synów.