Wachowski jest oskarżony o usiłowanie wyłudzenia dwóch milionów złotych od biznesmena irackiego pochodzenia w zamian za pomoc w zwolnieniu go z aresztu oraz próbę oszukania na milion złotych podłódzkich biznesmenów. Dodatkowo prokuratura zarzuciła mu powoływanie się na wpływy u wojewody łódzkiego oraz w prokuraturze. B. minister w śledztwie nie przyznał się do zarzucanych mu czynów. W związku z tą sprawą został zatrzymany przez ABW w styczniu 2007 roku. Miesiąc spędził w areszcie; wyszedł z niego za kaucją w wysokości 200 tys. zł.
Po raz pierwszy akt oskarżenia w tej sprawie prokuratura skierowała do sądu pod koniec grudnia 2007 roku, ale sprawa krążyła między sądami. Ze względu na osobę jednego z podejrzanych prawników - adwokata i byłego sędziego Jerzego P. - znaczna część łódzkich sędziów złożyła oświadczenia o wyłączeniu się z orzekania w tej sprawie.
W końcu akta trafiły do skierniewickiego wydziału łódzkiego sądu okręgowego. Ten jednak zwrócił sprawę prokuraturze i polecił uzupełnienie materiału dowodowego. Sąd wytknął prokuraturze m.in., że podejrzani nie zostali zaznajomieni z całością materiału dowodowego z akt niejawnych. Polecił także uzupełnienie materiału poprzez kserokopię zeznań z akt innego postępowania.
Prokuratura po dodatkowych przesłuchaniach i ponownej ocenie materiału dowodowego ostatecznie rozszerzyła zarzuty podejrzanym; obok oszustwa zarzuciła im także powoływanie się na wpływy w instytucjach państwowych.
Prokuratura oskarżyła Wachowskiego o żądanie w 2003 roku od rzgowskich biznesmenów, braci G., (po których zawiadomieniu zostało wszczęte śledztwo) zapłaty miliona zł w zamian za pośrednictwo w załatwieniu legalizacji ich hal targowych i zmianę przeznaczenia terenów pod jednym z tych obiektów - z budowlanych na usługowe. Według prokuratury w tym przypadku Wachowski wprowadził biznesmenów w błąd powołując się na rzekome wpływy u wojewody łódzkiego. Ostatecznie biznesmeni odmówili zapłacenia tej kwoty.
O pomoc b. ministrowi w tej sprawie oskarżony został adwokat Jerzy P. Według oskarżenia prawnik m.in. opowiedział mu o problemach prawnych dotyczących hal, zorganizował spotkania obu stron, na które udostępnił pomieszczenia i żądał od biznesmena 50 tys. zł dla b. ministra za rzekome starania w załatwieniu jego sprawy.
Inny zarzut stawiany Wachowskiemu dotyczy okresu od sierpnia 2002 r. do kwietnia 2003 r. Zdaniem śledczych b. prezydencki minister usiłował wyłudzić wówczas od handlujących zbożem przedsiębiorców 2 mln zł. W zamian za pieniądze miał - wprowadzając przedsiębiorców w błąd - obiecać im załatwienie uchylenia aresztu zastosowanego wobec biznesmena irackiego pochodzenia przez Prokuraturę Okręgową w Gorzowie Wlkp. Według prokuratury, w konsekwencji wyłudził od brata osadzonego 15 tys. zł. W tej sprawie Wachowski - zdaniem śledczych - miał się powoływać na rzekome wpływy w prokuraturze.
W związku z tą sprawą zarzut przedstawiono także Dorocie O., która - według oskarżenia - w Drawsku Pomorskim przekazała za pośrednictwem asystentki aresztowanego informację o konieczności przekazania żądanej przez Wachowskiego kwoty. W 2005 r., w tym samym śledztwie, Wachowskiemu postawiono także zarzut ukrycia w miejscu zamieszkania dokumentów, m.in. tajnych, którymi nie miał prawa rozporządzać. Ostatecznie prokuratura umorzyła ten wątek.
