Do czasu znalezienia miejsca pierwotnego pochówku i identyfikacji szczątków, nie było wiadomo, gdzie astronom został pochowany. Jego zwłoki przez kilkaset lat spoczywały w bezimiennym grobie.
Grób pod posadzką, w którym złożono obecnie sarkofag ze szczątkami Mikołaja Kopernika, znajduje się we fromborskiej archikatedrze. Po pięciu latach od odnalezienia grobu Kopernika i dwa lata po ostatecznej identyfikacji szczątków, w maju tego roku, odbył się powtórny pogrzeb astronoma.
Prochy złożono pod posadzką przy ołtarzu św. Krzyża, którym za życia, jako kanonik, opiekował się Kopernik. Znajduje się on w prawej nawie archikatedry. Nad grobem umieszczono 3-metrowej wysokości nagrobek mający formę modelu Układu Słonecznego.
Jak zauważył w rozmowie z PAP bp Jacek Jezierski, mimo że sezon turystyczny minął, to miejsce spoczynku Kopernika jest całoroczną atrakcją Fromborka. Grób astronoma można odwiedzić zawsze w godzinach otwarcia fromborskiej archikatedry. Jednak w tym szczególnym czasie listopadowych świąt grobowiec Kopernika może znaleźć się na szlaku grobów odwiedzanych przez mieszkańców Fromborka i przyjezdnych.
Uroczystości powtórnego pogrzebu Kopernika trwały od lutego. Rozpoczęły się 19 lutego (w dniu urodzin Kopernika) w Toruniu w bazylice katedralnej, gdzie astronom był ochrzczony. Stamtąd trumna z prochami została przewieziona do Olsztyna (gdzie Kopernik mieszkał, pracował i ogłaszał swoje dzieła naukowe) i była wystawiona w tamtejszym zamku przez prawie trzy miesiące. Następnie w olsztyńskiej katedrze odprawiono uroczystą mszę św. żałobną. Potem sarkofag przejechał do Fromborka, po drodze odwiedzając warmińskie miasteczka, z którymi związana była działalność Kopernika. Pogrzeb odbył się 22 maja - niemal w rocznicę śmierci (przypadającą 24 maja) astronoma.
Próby znalezienia grobu Mikołaja Kopernika podejmowano od ponad 200 lat. Zapoczątkowało je Towarzystwo Naukowe Warszawskie w 1802 roku. Jednak badania prowadzone w niewłaściwym miejscu nie przyniosły oczekiwanego rezultatu. W 1807 roku grób polskiego astronoma próbował odnaleźć - na rozkaz Napoleona - jeden z jego oficerów. Przed wybuchem i w trakcie II wojny światowej badania prowadzili także Niemcy.
Przełomowym okazał się dopiero rok 2004, kiedy to Instytut Antropologii i Archeologii Akademii Humanistycznej im Aleksandra Gieysztora w Pułtusku, pod kierownictwem prof. Jerzego Gąssowskiego, rozpoczął archeologiczne badania we wnętrzu archikatedry we Fromborku. Zostały one ukończone w 2005 roku, a w 2008 dokonano ostatecznego potwierdzenia miejsca pochówku Mikołaja Kopernika dzięki badaniom DNA.
