Ks. Popiełuszko - zamordowany w 1984 r. przez SB kapelan podziemnej Solidarności, beatyfikowany w 2010 r. - znalazł się w internetowym katalogu IPN osób rozpracowywanych przez służby specjalne PRL. Obrazuje on stan archiwów IPN o ks. Popiełuszce. Zapis zaczyna się informacją, że w listopadzie 1965 r. Jerzemu Popiełuszce - wówczas klerykowi w Wyższym Metropolitarnym Seminarium Duchownym w Warszawie - założono tzw. teczkę ewidencji operacyjnej księdza (TEOK nr rej. 33805). Teczkę taką, w celu inwigilacji, SB zakładała każdej osobie duchownej od chwili wstąpienia do seminarium.
Od 25 października 1966 do października 1968 r. Popiełuszko odbył zasadniczą służbę wojskową w 54. Szkoleniowym Batalionie Ratownictwa Terenowego w Bartoszycach (klerycy byli wtedy powoływani do wojska, co zmieniło się za rządów Edwarda Gierka - PAP). W maju 1972 r. otrzymał święcenia kapłańskie z rąk Prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego. Posługę ks. Jerzy Popiełuszko wykonywał kolejno w parafiach: pw. Najświętszej Trójcy (Ząbki), pw. Matki Boskiej Królowej Polski (Warszawa-Anin), pw. Dzieciątka Jezus (Warszawa-Żoliborz), pw. św. Jana Chrzciciela (Warszawa-Stare Miasto) i pw. św. Stanisława Kostki (Warszawa-Żoliborz).
Z katalogów wynika, że 25 marca 1974 ks. Popiełuszko - wówczas wikariusz w parafii w Ząbkach - został operacyjnie zabezpieczony przez pion IV KPMO w Wołominie. 17 kwietnia 1974 r. zmieniono charakter zainteresowania na kandydata na TW. 30 czerwca 1975 r. materiały wyrejestrowano i za pośrednictwem Wydziału "C: przekazano do Wydziału IV KSMO. Z kolei 20 września 1975 r. materiały zarejestrowano w dzienniku KSMO pod nr. 13594. "Zdjęto z ewidencji dn[ia] 4.05.[19]82 z powodu odmowy współpracy" - brzmi kolejny zapis. Materiały zarchiwizowano w Wydziale "C" KSMO pod sygn. 14344/I-K. Zniszczono je w maju 1988 r.
Według zapisów z SB, "od kwietnia 1982 r. pozostaje w aktywnym zainteresowaniu Wydz[iału] IV KSMO W[arsza]wa w ramach TEOK". 25 września 1985 r. materiały zarchiwizowano w Wydziale "C" SUSW pod sygn. 8868/II. IPN podkreśla, że zniszczono też teczkę ewidencji operacyjnej ks. Popiełuszki.
Dalsze zapisy katalogu odnoszą się do materiałów rozpracowywania ks. Popiełuszki przez SB oraz sprawy jego uprowadzenia i zamordowania. Ksiądz był rozpracowywany w ramach Sprawy Operacyjnego Rozpracowania kryptonim "Popiel", czego podstawą były "materiały zdobyte przez SB za pośrednictwem agentury i techniki operacyjnej". Jako powód rozpracowania podano: "Utrzymuje ścisłe kontakty z b. działaczami NSZZ +Solidarność+. Wykorzystując kościelną akcję charytatywną dot. rozdzielania lekarstw otrzymywanych z zagranicy, prowadzi działalność antysocjalistyczną. Organizuje nabożeństwa z udziałem aktorów scen warszawskich poświęcone różnym rocznicom, nadając im wydźwięk polityczny".
Wydział Śledczy SUSW wszczął i 4 października 1983 r. zarejestrował postępowanie przeciwko ks. Jerzemu Popiełuszce podejrzanemu o "nadużywanie wolności sumienia i wyznania na szkodę interesów PRL". Dodano, że po przeszukaniu jego miejsca zamieszkania zakwestionowano "ok. 15 tys. ulotek o różnej treści; 38 szt. pocisków kaliber 9 mm, 3 bojowe granaty łzawiące, 2 szt. zapalników górniczych zwłocznych (elektryczny i lontowy), dwa rodzaje mat[eriałów] wybuchowych górniczych (dynamit skalny - ok. 110 g i prawdopodobnie karbonit - ok. 100 g); 36 czystych matryc białkowych".
13 grudnia 1983 r. podczas przesłuchania ks. Popiełuszko "odmówił składania wyjaśnień, stwierdzając tylko, iż zakwestionowane podczas przeszukania jego mieszkania przedmioty +znalazły się tam w nieznanych mu okolicznościach i bez jego wiedzy+". Prokuratura zdecydowała o niestosowaniu aresztu tymczasowego. Potem okazało się, że wszystkie znalezione przedmioty podrzucił do mieszkania księdza na Chłodnej późniejszy zabójca kpt. SB Grzegorz Piotrowski.
Śledztwo zakończono 13 lipca 1984 r. skierowaniem przez Prokuraturę Wojewódzką w Warszawie aktu oskarżenia. 24 sierpnia 1984 r. Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy postępowanie umorzył na mocy amnestii. W katalogu wspomina się o "Pro memoria" bp. Jerzego Dąbrowskiego do Urzędu ds. Wyznań, że w toku prowadzonego śledztwa komunistyczna propaganda usiłowała zniesławić ks. Popiełuszki. M.in. "ukazał się artykuł o charakterze zniesławiającym [ks. J. Popiełuszkę], podpisany nazwiskiem Michał Ostrowski, w Ekspresie Wieczornym z 27.12.[19]83 r. pt. +Garsoniera Ob. Popiełuszki+. Nadto informacje zniesławiające [ks. J. Popiełuszkę] były powtarzane w Telewizji i na konferencji prasowej przez rzecznika prasowego [rządu PRL] J. Urbana".
Kolejne materiały to akta kontrolne śledztwa w sprawie uprowadzenia "wszczętego na podstawie ustnego zawiadomienia o przestępstwie złożonego przez kierowcę księdza - Waldemara Chrostowskiego" oraz akta poszukiwań księdza. Jest też teczka zatytułowana "Zabójstwo ks. Popiełuszki", która zawiera materiał poglądowy z oględzin miejsca wydobycia ciała ks. Jerzego we Włocławku oraz materiał poglądowy z miejsca wyskoczenia Chrostowskiego z auta porywaczy. Zachowały się też akta procesu zabójców ks. Popiełuszki z sądu w Toruniu.
Ponadto w IPN jest 25-minutowy film dotyczący uprowadzenia i zamordowania ks. Jerzego, który składa się z trzech części. Pierwsza to przebieg wizji lokalnej w okolicy tamy we Włocławku, gdzie wydobyto ciało (przez pierwszych 5 minut filmu brak obrazu, jest dźwięk). Druga część przedstawia kościół pw. św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu, wokół którego wierni modlą się po ogłoszeniu informacji o zamordowaniu ks. Jerzego. Trzecią część filmu stanowią materiały z przebiegu procesu zabójców (jest obraz, brak dźwięku).
Zachowane akta paszportowe ks. Jerzego zawierają postanowienie o zastrzeżeniu przez SB wyjazdu za granicę do wszystkich krajów świata na 2 lata, począwszy od 26 sierpnia 1982 r. Jako uzasadnienie podano: "Utrzymuje ścisły kontakt z elementem antysocjalistycznym i byłymi działaczami NSZZ +Solidarność+. Organizuje bez wymaganego zezwolenia uroczystości kościelne o charakterze politycznym godzącym w zasady ustroju PRL". Dlatego we wrześniu 1982. podjęto decyzję odmowną w sprawie wniosku ks. Jerzego o wyjazd do Włoch na kanonizację o. Maksymiliana Marii Kolbego.
W teczce pracy TW "Jankowski" (był nim ks. Michał Czajkowski, który po tym mordzie odmówił dalszej współpracy - PAP) są doniesienia dotyczące ks. Jerzego. "Jankowski" otrzymywał od SB zadania "m.in. związane bezpośrednio z inwigilacją ks. Jerzego". Także w teczce pracy TW "Tarcza"/"Tarnowski"/"Miecz" (Tadeusz Stachnik - PAP) są doniesienia na ks. Jerzego, które dotyczą m.in. wspierania przez ks. Jerzego uczestników strajku w Wyższej Oficerskiej Szkole Pożarnictwa w Warszawie pod koniec 1981 r. oraz mszy odprawianych w stanie wojennym przez ks. Popiełuszkę w kościele św. Stanisława Kostki.
19 października 1984 r. ks. Popiełuszko, duszpasterz ludzi pracy i kapelan Solidarności, został zamordowany przez funkcjonariuszy IV departamentu. Bezpośredni mordercy zostali skazani w 1985 r.: Grzegorz Piotrowski na 25 lat więzienia, Leszek Pękala na 15 lat i Waldemar Chmielewski na 14 lat. Wiceszef IV departamentu MSW płk Adam Pietruszka został zaś skazany na 25 lat więzienia za podżeganie do zabójstwa. Wszyscy od dawna są już na wolności. Ich przełożonych b. szefa SB gen. Władysława Ciastonia i b. szefa IV departamentu gen. Zenona Płatka uniewinniono w latach 90. z zarzutu kierowania zabójstwem ks. Popiełuszki.
Dziś pion śledczy IPN prowadzi śledztwo ws. domniemanego kierowania zabójstwem ks. przez osoby zajmujące w PRL stanowiska wyższe od Ciastonia i Płatka. W 2009 r. IPN zarzucił trzem b. oficerom SB prowadzenie w latach 80. postępowania karnego przeciw ks. Popiełuszce o "czyny nie będące przestępstwem" - chodzi o funkcjonariuszy SB, którzy brali udział w śledztwie wobec kapelana podziemnej Solidarności o rzekome "nadużywanie wolności sumienia" oraz "posiadanie materiałów wybuchowych".
Nigdy nie potwierdzono oficjalnie tez głoszonych m.in. przez dziennikarza Wojciecha Sumlińskiego, by ksiądz zginął później i w innych okolicznościach, niż to ustalił sąd w Toruniu, choć co jakiś czas powracają pytania w tej sprawie