Kości mnichów złożono we wspólnym grobie 13 października 1836 roku po siedmiogodzinnym nabożeństwie. W kryptach spoczywają także ojciec Pius Przeździecki - generał zakonu paulinów w okresie II wojny światowej oraz ojciec Piotr Markiewicz - przeor Jasnej Góry w czasie I wojny światowej i późniejszy wieloletni Generał Zakonu.

W podziemiach Kaplicy Cudownego Obrazu spoczywały też przez 300 lat - od jego śmierci w 1673 roku - szczątki bohaterskiego przeora klasztoru z czasów potopu szwedzkiego, ojca Augustyna Kordeckiego. Teraz znajdują się one w niszy w lewej ściany Kaplicy Matki Bożej.