Od lat śledztwo w sprawie obławy prowadzi białostocki oddział Instytutu Pamięci Narodowej. Dotyczy ono zbrodni komunistycznej przeciwko ludzkości. Przyjęto w nim, że w lipcu 1945 r., w nieustalonym dotychczas miejscu zginęło ok. 600 osób zatrzymanych w powiatach: augustowskim, suwalskim i sokólskim. Zatrzymali ich żołnierze sowieckiego Kontrwywiadu Wojskowego "Smiersz" III Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej, przy współudziale funkcjonariuszy polskich organów Bezpieczeństwa Publicznego, MO oraz żołnierzy I Armii Wojska Polskiego.
Od kilkudziesięciu lat o wyjaśnienie zbrodni zabiegają również Obywatelski Komitet Poszukiwań Ofiar Mieszkańców Suwalszczyzny Zaginionych w lipcu 1945 r. oraz Związek Pamięci Ofiar Obławy Augustowskiej, wielu historyków.
W lutym 2016 r. IPN odnalazł na internetowym portalu z materiałami z archiwów ministerstwa obrony Rosji kilka tysięcy stron sowieckich dokumentów o przebiegu obławy. To najnowszy materiał, który może posłużyć do wyjaśnienia zbrodni. Trwa tłumaczenie tych dokumentów; po jego zakończeniu do Rosji zostanie wystosowana prośba o nadesłanie oryginałów. W poprzednich latach, strona rosyjska konsekwentnie odmawiała pomocy prawnej w śledztwie dotyczącym obławy.
W śledztwie jest mowa obecnie o 592 ofiarach, ale w świetle najnowszych dokumentów, można przypuszczać, że zamordowanych może być więcej. Główny cel śledztwa to ustalenie liczby ofiar i odnalezienie miejsca lub miejsc ich pochówku.
Odnalezione dokumenty dotyczą działalności 50. Armii III Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej. IPN ocenił je jako "niesłychanie ważne", bo przedstawiają cały plan tej - jak mówił prowadzący śledztwo prokurator IPN w Białymstoku Zbigniew Kulikowski - "zbrodniczej akcji, zbrodni przeciwko ludzkości, która została zaplanowana i - z punktu widzenia prawa karnego - popełniona w zamiarze bezpośrednim zabójstwa ludzi tylko dlatego, że mieli inne przekonania polityczne", a to nie ulega przedawnieniu.
Obława Augustowska jest w tych dokumentach nazywana "operacją przeczesywania lasów", skierowaną przeciwko Armii Krajowej, a także podziemiu litewskiemu. Objęła teren o powierzchni blisko 3,5 tys. km kw., około stu miejscowości, a w działaniach sowieckich wzięło udział ok. 40 tys. żołnierzy.
W dokumentach jest mowa o konkretnych dowódcach i żołnierzach, którzy brali udział w obławie. IPN chciałby ustalić czy te osoby żyją, a jeśli tak, to gdzie mieszkają. W dokumentach są też szczegóły operacji, w tym kluczowej potyczki zbrojnej, która miała miejsce nad jeziorem Brożane, np. właściwa data i miejsce tej bitwy - doszło do niej 15 lipca 1945 roku, choć wcześniej przyjmowano datę 12 lipca.
Przed odnalezieniem rosyjskich materiałów w internecie, ważnym dokumentem w śledztwie był opublikowany w 2012 r. przez rosyjskiego historyka ze stowarzyszenia "Memoriał" Nikitę Pietrowa, szyfrogram naczelnika Głównego Zarządu Kontrwywiadu "Smiersz" generała Wiktora Abakumowa do Ludowego Komisarza Spraw Wewnętrznych Związku Sowieckich Republik Radzieckich Ławrentija Berii z 21 lipca 1945 r., w którym jest mowa o planie zamordowania 592 osób zatrzymanych w obławie.
Abakumow pisze do Berii, że 20 lipca 1945. r. wysłał - na polecenie Berii - do Olecka zastępcę naczelnika "Smiersza" Iwana Gorgonowa z grupą doświadczonych oficerów kontrwywiadu w celu "przeprowadzenia likwidacji bandytów aresztowanych w lasach augustowskich", m.in. z generałem Pawłem Zieleninem - naczelnikiem zarządu "Smiersz" III Frontu Białoruskiego. Jest tam wprost mowa o tym, że augustowskie lasy przeczesywały i ludzi zatrzymywały wojska III Frontu Białoruskiego wypełniając polecenie sztabu generalnego Armii Czerwonej. Działo się to w dniach 12-19 lipca. Zatrzymano łącznie 7 tys. 049 osób. Wypuszczono 5 tys. 115 osób, 1 tys. 934 ludzi zatrzymano.
Ujawniono i aresztowano jako bandytów 844 ludzi, w tym 262 to Litwini i z tej przyczyny zostali przekazani organom NKWD-NKGB Litwy. Zatem liczba aresztowanych na 21 lipca wynosi tylko 592 ludzi, a zatrzymanych, którzy są sprawdzani 828 ludzi - czytamy w szyfrogramie.
Obława została przeprowadzona siłami 50. Armii III Frontu Białoruskiego oraz 62. Dywizji Wojsk Wewnętrznych NKWD. Akcją likwidacji pojmanych dowodzili: zastępca szefa Głównego Zarządu Kontrwywiadu Siersz gen mjr Iwan Gorgonow oraz szef Zarządu Kontrwywiadu III Frontu Białoruskiego gen. por. Paweł Zielenin. W operacji brali również udział funkcjonariusze lokalnych struktur polskiego komunistycznego aparatu bezpieczeństwa i milicji oraz ich tajni współpracownicy. Ponadto w powiecie suwalskim zaangażowane zostały dwie kompanie I Praskiego Pułku Piechoty WP - pisze Marcin Markiewicz w wydanym w 2016 r. albumie IPN poświęconym obławie.
Wciąż nieznane są dokładne przyczyny obławy. Wiadomo, że sowieci walczyli z partyzantką na Kresach Wschodnich. Wiosną 1945 r. podziemie niepodległościowe na Suwalszczyźnie było bardzo aktywne. Była to - jak podają historycy - polska odpowiedź na postępowanie czerwonoarmistów, którzy mordowali, rabowali i gwałcili, ale też na działania polskich władz komunistycznych. Inna z hipotez mówi o tym, że mogło chodzić o ochronę trasy przejazdu Stalina na konferencję w Poczdamie. Jeszcze inna wskazuje, że latem 1945 r. strona radziecka myślała o korekcie granic państwowych - bezpośrednim połączeniu Obwodu Kaliningradzkiego z Białoruską SRR, a w tym celu należało "oczyścić teren z elementu wrogiego ZSRR".
Wciąż nie wiadomo gdzie są groby ofiar. W ramach śledztwa IPN, biegli z zakresu kartografii, którzy analizowali powojenne zdjęcia lotnicze wskazali ponad 60 miejsc na terytorium Białorusi - większość w okolicach miejscowości Kalety - które mogą być potencjalnie jamami grobowymi, po stronie polskiej kilkanaście takich miejsc. Białoruś odmówiła pomocy prawnej w tej sprawie. Na razie prace sondażowe we wskazanych miejscach po stronie polskiej również nie dały odpowiedzi ws. miejsc pochówku. Znaleziono pojedyncze szczątki ludzkie, nie wiadomo czy mają związek z obławą.
12 lipca jest ustanowionym w 2015 r. przez Sejm Dniem Pamięci Ofiar Obławy Augustowskiej z lipca 1945 r.