W wywiadzie dla dziennika "Sueddeutsche Zeitung" Stoiber powiedział, że podjęta latem decyzja o otwarciu niemieckich granic dla uchodźców była "poważnym błędem". Jak ocenił, wpędziło to Europę w absolutny kryzys. Stoiber zauważył, że Niemcy jednostronnie zdefiniowały napływ uchodźców jako problem Europy, po czym otworzyły granice i zaczęły żądać europejskich kwot rozdziału uchodźców. Jak dodał, Niemcy postawiły inne kraje Unii przed faktem dokonanym.
Bawarski polityk zażądał od Merkel przywrócenia porządku na granicach, bo - jak stwierdził - obecnie w ogóle nie wiadomo, kto wjeżdża do kraju. Stoiber postawił też Merkel ultimatum. Zagroził, że jeśli kanclerz nie zmieni swojego kursu, to jego partia CSU wejdzie w konflikt z szefową rządu. CSU jest koalicyjnym partnerem Merkel.