Była pracownica Urzędu Kontroli Skarbowej w Pile zeznała przed sądem, że w 1993 i 1994 roku przeprowadzała wraz z zespołem kontrolę w należącej do Henryka Stokłosy firmie. Kontrola wykazała pewne nieprawidłowości w rozliczeniach podatkowych. Jak stwierdziła, na miesiąc przed końcem terminu ważności upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, otrzymała polecenie od zwierzchnika, by ją zakończyć.
Według zeznającej, polecenie zostało przesłane do pilskiego UKS z ministerstwa finansów. Świadek przyznała, że , by ministerstwo nakazało pisemnie przerwać kontrolę.
Jak zeznała świadek, przeprowadzana w przedsiębiorstwie kontrola była trudna - , niektórych nie dostarczono nawet po pisemnych ponagleniach.
W sądzie zeznawały także urzędniczki z departamentu kontroli skarbowej ministerstwa finansów, które sprawdzały decyzje podejmowane w sprawie Stokłosy przez Urząd Skarbowy w Pile, Urząd Kontroli Skarbowej w Poznaniu oraz urzędników ministerstwa finansów.
Jedna z urzędniczek powiedziała przed sądem, że kontrola wykazała nieprawidłowości w decyzjach podejmowanych w sprawie podatków Stokłosy przez dwóch dyrektorów ministerstwa finansów. Wśród pokontrolnych zaleceń znalazło się . Prokuratura postawiła obu dyrektorom zarzuty przyjęcia korzyści majątkowych od Stokłosy. Ich proces toczy się przed sądem w Warszawie.
. Biznesmen miał wręczać urzędnikom łapówki w postaci alkoholu i wędlin wartości od kilkuset do kilku tysięcy złotych oraz gotówki w wysokości od 5 tys. do 100 tys. zł, w zależności od kwoty umorzeń podatkowych, które otrzymywał.
Zdaniem prokuratury na skutek działań skorumpowanych urzędników instytucje państwowe umarzały i kasowały decyzje izb skarbowych, nakazujące zapłatę zaległych podatków od firm należących do Stokłosy. Skarb Państwa mógł w wyniku tej działalności stracić nawet 5,6 mln zł. Oskarżony nie przyznaje się do winy i odmawia składania wyjaśnień.
Oprócz zarzutów korupcyjnych , utrudniania pracy policji w sprawie postępowania dotyczącego zatrucia środowiska naturalnego, sfałszowania oświadczenia o czynnym prawie wyborczym i wyłudzenia pieniędzy z funduszy Unii Europejskiej.
Oskarżonym w tej samej sprawie księgowej Stokłosy, Elżbiecie N., postawiono zarzuty pomocnictwa w łapownictwie oraz w wyłudzeniach, a Ryszardowi S. - sędziemu sądu administracyjnego - zarzut przyjmowania korzyści majątkowych.
