Dom ten miał specjalne znaczenie dla papieża Polaka, tym bardziej że podczas hitlerowskiej okupacji znalazł w nim schronienie i studiował w tajnym seminarium duchownym. To tu w 1946 roku przyjął święcenia kapłańskie z rąk kardynała Sapiehy.

Na fasadzie budynku znajduje się tablica, upamiętniająca pierwszą pielgrzymkę Jana Pawła II do Polski i pobyt w pałacu biskupim w dniach 6-10 maja 1979 roku. Na dziedzińcu stoi pomnik polskiego papieża - dar włoskiej rzeźbiarki Jole Sensi Croci, odsłonięty w 60. rocznicę urodzin Karola Wojtyły.

Sercem pałacu jest kaplica nazywana "Totus Tuus", gdzie podczas każdej pielgrzymki Jana Pawła II odprawiane były prywatne msze. Tam Karol Wojtyła, jako biskup krakowski, spędzał wiele czasu, modlił się, podejmował najważniejsze decyzje, a także pisał.

Na przyjazd Benedykta XVI w pałacu Arcybiskupów Krakowskich przeprowadzono remont. Wymienione zostały m.in. okna. Ale nie wszystkie. Rama okna papieskiego pozostała na swoim miejscu. Zamontowano tylko dodatkową szybę.