Rezygnację z pełnionej funkcji złożył również dotychczasowy prorektor ds. nauki wrocławskiej uczelni prof. Marek Ziętek. Jednocześnie prof. Ziętek zadeklarował, że nie będzie kandydował w zbliżających się wyborach władz uczelni. Wybory nowych władz mają odbyć się w ciągu miesiąca. Prof. Andrzejak poinformował o zamiarze podania się do dymisji w piątek w zeszłym tygodniu. "Rektor Andrzejak zdecydował się na dymisję, ponieważ chce zakończyć zamieszanie na uczelni związane z oskarżeniami wysuwanymi m.in. przez związki zawodowe" - powiedział wówczas PAP rzecznik uczelni Arkadiusz Foerster.
Z kolei prof. Ziętek w rozmowie z PAP tłumaczył swoją decyzję atmosferą jaka panuje na Akademii Medycznej. "Prof. Andrzejak zapowiadał, że odsunie się od kierowania uczelnią, gdy tymczasem miał wpływ na jej pracę poprzez przychylnych mu prorektorów" - mówi wówczas prof. Ziętek. Dodał, że był w gronie zarządzających uczelnią jednym, który stoi po "przeciwnej stronie barykady prof. Andrzejaka". "Dla dobra instytucji i uniknięcia oskarżeń, że usilnie trzymam się stanowiska postanowiłem złożyć dymisję" - mówił prof. Ziętek.
Prof. Andrzejak został zawieszony w październiku 2010 r. przez minister zdrowia Ewę Kopacz w związku z oskarżeniami o plagiat, którego rektor miał się dopuścić w swojej pracy habilitacyjnej. Konsekwencją zawieszenia było głosowanie nad odwołaniem prof. Andrzejaka z funkcji rektora wrocławskiej uczelni. Po raz pierwszy do takiego głosowania doszło pod koniec listopada 2010 r. Wówczas do odwołania rektora zabrakło siedmiu głosów. Ówczesną decyzję Kolegium Elektorów zakwestionował minister zdrowia, twierdząc, że wniosek o odwołanie był rozpatrywany przez to ciało w niepełnym składzie. Do drugiego głosowania doszło na początku marca. Wówczas do odwołania rektora zabrakło czterech głosów.
W listopadzie 2008 r. uczelniany związek Solidarność '80 oskarżył prof. Andrzejaka, że w swojej pracy habilitacyjnej dopuścił się plagiatu. Miał on - według związkowców - przepisać ok. 90 fragmentów z prac prof. Witolda Zatońskiego i prof. Jolanty Antonowicz-Juchniewicz. W lipcu 2010 r. sprawą zajął się zespół ds. etyki w nauce przy Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Jego członkowie orzekli, że praca habilitacja prof. Andrzejaka jest plagiatem. Zespół nie może jednak pozbawić rektora Akademii Medycznej stanowiska ani tytułu naukowego, ponieważ jest jedynie ciałem doradczym ministra.
Wcześniej sprawą plagiatu zajął się powołany przez Ministerstwo Zdrowia rzecznik dyscyplinarny, który nie dopatrzył się nadużyć w pracy prof. Andrzejaka. Sam rektor Akademii Medycznej twierdzi, że nie dopuścił się plagiatu. W konsekwencji przeciągającego się postępowania w sprawie plagiatu prof. Andrzejaka Centralna Komisja do spraw Stopni i Tytułów 30 września zawiesiła Wydziałowi Lekarskiemu wrocławskiej Akademii Medycznej uprawnienia do nadawania habilitacji i prowadzenia procedur profesorskich. Akademia odwołała się od tej decyzji.
Teraz sprawę plagiatu badają naukowcy z Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego.