Relikwiarz został umieszczony w sejfie za pancerną szybą. Tam umieszczony jest romb ze srebrnymi bokami, których faktura przypomina paliusz (szeroka na kilka centymetrów taśma z wyszytymi krzyżykami, jedno z insygniów papieskich - PAP). W przeszklonym wnętrzu rombu umieszczona jest kryształowa kropla, w której znajduje się fragment sutanny z krwią Jana Pawła II z zamachu na Placu św. Piotra. Relikwiarz będzie wkomponowany w portret błogosławionego, wykonany w Weronie z drobnych granitowych kamyków i szkła.
Panteon znajduje się w dolnej części świątyni. Umieszczono w nim symboliczny grób papieża Jana Pawła II. W panteonie pochowani są: ostatni prezydent Rzeczpospolitej na uchodźstwie Ryszard Kaczorowski, pierwszy po 1989 r. minister spraw zagranicznych Krzysztof Skubiszewski, poeta ks. Jan Twardowski.
Złożenie relikwii poprzedzone było ogólnonarodową mszą świętą dziękczynną za beatyfikację Jana Pawła II, której przewodniczył nuncjusz apostolski w Polsce abp Celestino Migliore; homilię wygłosił przewodniczący episkopatu Polski abp Józef Michalik.
Relikwie Jana Pawła II zostały przyniesione w niedzielę do Wilanowa w uroczystej procesji, która z pl. Piłsudskiego wiodła Traktem Królewskim do Pól Wilanowskich. Na poszczególnych odcinkach relikwie niesione były przez przedstawicieli różnych środowisk. Na trasie do procesji dołączyli prezydenci i burmistrzowie miast papieskich z całej Polski.
