Od początku pracy zawodowej do 2009 r. kierował Kliniką Położnictwa i Ginekologii w Instytucie Matki i Dziecka w Warszawie. Potem był dyr. Kliniki Położnictwa i Kliniki Zdrowia Kobiety w Szpitalu Medicover w Warszawie. Ostatnio pracował w Zakładzie Poradnictwa i Seksuologii Uniwersytetu Zielonogórskiego.
W 1989 r. otrzymał stypendium Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) w dziedzinie planowania rodziny w Wielkiej Brytanii, a w 1992 r. stypendium Fogarty Foundation w USA w zakresie zakażeń HIV u kobiet.
Był jednym z pierwszych w naszym kraju lekarzy zajmujących się osobami zakażonymi wirusem HIV. Prowadził wtedy ciążę zakażonej tym drobnoustrojem kobiety, która urodziła zdrowe dziecko - powiedział w rozmowie z PAP prof. Zbigniew Izdebski z Uniwersytetu Zielonogórskiego.
W latach 1989-2005 odbył liczne staże i szkolenia w ośrodkach akademickich w Wielkiej Brytanii, USA, Irlandii i Francji, zajmujących się problematyką zakażeń perinatalnych, planowania rodziny oraz pato?zjologii szyjki macicy i kolposkopii.
Od 1992 r. współpracował z biurem ONZ w Warszawie. Od 2005 r. był ekspertem WHO w zakresie transmisji wertykalnej HIV, a od 2007 r. - ekspertem UNICEF w tym zakresie. Przewodniczący Misji Ekspertów Unii Europejskiej w Ugandzie w 2005 r. w zakresie zdrowia reprodukcyjnego.
Prowadził programy naukowe wspólnie z innymi ośrodkami naukowymi w Polsce i zagranicą. Był kierownikiem lub głównym wykonawcą pięciu projektów badawczych, przyznanych do realizacji przez Ministerstwo Nauki i Informatyzacji. Członkiem wielu Towarzystw Naukowych oraz komitetów redakcyjnych czasopism naukowych. W latach 2006-2009 pełnił funkcję Wiceprezesa Polskiego Towarzystwa Ginekologicznego.
Autor 290 publikacji naukowych w prasie krajowej i zagranicznej. Promotor ośmiu zakończonych przewodów doktorskich oraz kierownik czterech otwartych przewodów doktorskich. Był również redaktorem, autorem i współautorem wielu podręczników i książek w zakresie zakażeń perinatalnych oraz zdrowia reprodukcyjnego.
Pogrzeb prof. Krzysztofa Tomasza Niemca odbędzie się w piątek na Powązkach w Warszawie.